ScriptPai pai = Instantiate(prefabPai).GetComponent<ScriptPai>();
Destroy(pai.gameObject);
として実際見た目も消えているのに
GameObject.FindGameObjectsWithTag("Pai");
で消したはずのも検出してしまう

Destroy(pai.gameObject);を実行前にタグ名を変えておくことでごまかすけど