多分理解してないだけだと思うけど

公式のマニュアルね
https://docs.unity3d.com/ja/current/ScriptReference/Object.Destroy.html

破壊は、現在のフレームのアップデート（Update）処理後に行われます

一応即破棄には
https://docs.unity3d.com/ja/current/ScriptReference/Object.DestroyImmediate.html
もあるけどこちらはエディタよう
同一フレームとかの理解しましょ