>>983
プレハブにインスペクタで参照を持たせることができるのは、そのプレハブ内に存在するものだけです。

なので、
プレハブ内に「シーン内からボタンBを探し、アタッチされたC#を実行する」ような「ブリッジになるスクリプト」を作って、ボタンAからはそれを呼ぶ、というかんじでどうでしょうか。