>>983
申し訳ない、>>987なんですが、
「プレハブがアセット内にある段階でシーン内への参照を持たせたい」のだと勝手に勘違いしてしまいました。

シーン内に置いたプレハブ（インスタンス）であれば、オブジェクトの左端の三角アイコンで子要素を展開すれば
子要素もインスペクタを変更できますのでそこから参照を持たせることができます。