どこのシーンから起動させるかをビルド時に決めることができるわけですか。

たとえばステージ１だけを遊べる体験版をファイル複製の方法で作りたい時に、
一時的にフォルダの内容が全く同じものが２つ出来ると思いますが、
Unity上で開いた時に何か不具合が出ることは無いでしょうか？