原因はいろいろあると思いますが…

まずはデバッグ機能を使い本当に変数に数字が格納されているかを確認してみてください

※大事なことなので再度※
単に変数計算をしただけではPCの方は認識しません。
必ず変数システムの方に入力するスクリプトを組んでください

「変数計算　変数00　+　値1　＝　変数100」　　→　「変数システム　オプション0　(←入力)　変数00」


数字がちゃんと入っている場合、シューティングゲームビルダーの仕様が邪魔している可能性があります
ツールデフォルトの機能(自機移動、ショット関係)は基本的にスクリプトの上位にあり、
リアルタイムでは制御不可能だったハズ…

フラグというパネルの中に自機制御というのがあったら、
まずはそれを自機演出タスクの一番上に置き、そのチェックを外してテストする

ダメだった場合はツールの仕様が関係していると思われます
(フリー版の場合、ステージ開始直後、もしくは自機復活の時だけ有効にできてたはず)


となると考えられる手段はかなり面倒になります
以下に一つの方法を参考までに