基本システム使うつもりなら装備として「パッシブスキル」を作ってみればいいじゃん
装備なら既存のシステムで入手破棄確認変更できるし、外せない設定にすればキャラ固有にもできる

パッシブ効果は専用の状態を作れば良い
改造なしでステータス補正ダメージ補正カウンター設定なんかができるし、カウンターで発動した技能からコモン呼出もできる

あとはその状態が装備者に付与される処理だけ書けばいい
装備のUDBに「装備中に付与される状態」みたいな項目作って、「〇[変更可]戦闘開始時処理」あたりにその状態を装備者に付与する処理を書いておけば既存の処理いじらなくて済むでしょ

ポケモンのアレが実装できない…みたいな不満は当然出るだろうけど、漠然とした質問投げる初心者ならまず動くものを弄る方が楽しんで作れるんじゃないかな