保存し忘れても次回起動時に復旧とかしてくれるはず
他のアセットに変更のマークがついてるんじゃないかな
コンテンツフォルダを指定して全て保存とかすればいいよ

多分依存関係がおかしくなってるんだとは思うけどね
時間はかかるけどたまにパッケージ化してみるのがいいんじゃない？
それでもどうしようもない場合は新規にプロジェクト作ってアセットだけを移行したらゴミも消えるんじゃないかな