キーマウ入力も安定してウィンドウもUnity本体を非表示にしてミラーウィンドウの1つにできた
そして肝心の「Unity本体が重くて固まってる間もミラーウィンドウは固まらない」の検証動画
https://i.imgur.com/g4K2RSq.mp4

ゲームは特定のキーを入力するとメインスレッドが1秒固まるようにしてある（後ろのエフェクトが1秒止まってるので確認できる）
動画だと分かりづらいけどメインスレッドが固まってる間も普通にミラーウィンドウを動かせてる
これでもう自分のゲームでこのアプローチを採用するのはほぼ確定でいけそう
あとはウィンドウのリサイズ関係とかUnityのApplication.runInBackground対応とか残ってるけどこっちは時間の問題だ