上のレスで検証してた話について、Qiitaに記事を投稿しました
https://qiita.com/waiwaiunity/items/0829d186deab1e7e3d26

Unityが重くて固まるのが嫌なら、2つのUnityを1つのウィンドウで起動して
メインのUnityが固まってる間はサブのUnityを画面に映して実質的に固まらなくしよう、というトンデモ発想を実現したという話