いやだからパーツをどうこうするって話じゃなくてさ
他の奴も言ってるように設定や伏線に絡む要素はプロローグや本編序盤ではなく主人公を動かす過程に混ぜていくんだよ

お前さんに今必要なのはツクールいじることではなく有名小説あたりからストーリー構成を学ぶことだと思う
制作する側の視点で読むと良い作品がいかにうまく構成されてるかがわかるよ
ファンタジー作品だと設定を序盤で語るのもあるけど必要最低限に抑えてる工夫とかね