UnityはUnityPlayer.dllの中にあるUnityMainって関数を呼び出すところから始まる
そのあとmonoなら***_Data/Managedのdllを参照するしil2cppならGameAssembly.dllを参照する
このdllの構成を変えることはできない
むしろUnityPlayer.dllのUnityMain関数を呼び出せるならexeは自作でも可