BlenderからFBX出力はNativFBXSDK使ってないからエクスポートで問題が出ることあるよ。
有料だけどBetter Fbx Importer & Exporterを使ってる
あとAutoRigProならOccurigみたいに簡単リグ設定できるしおまけのFBXエクスポートも評判いい