スマホのプラスメッセージがwi-fiの時だけ動かないということが、
色々なところで起きているようで、私も該当するのですが、
ip route 0.0.0.0/0 ppp 0
さえも手動で設定しないといけないコマンドルータです。

ドコモのサイトでは下記の通り書いています。
https://www.nttdocomo.co.jp/service/plus_message/notice/index.html
> Wi-Fiを利用したメッセージ送受信においては、5060番台（5060-5069）のポート番号を使用しております。
> ご利用の際には、Wi-Fi環境のポート番号利用設定をご確認ください。

これはスマホもサーバもsrc port, dst port共に5060番台を使っていると考えれば良いのでしょうか？
spiを設定しているルータでは
内側からは自由に出て行き、返ってこれると思うのですが、
どのような設定をすれば通信ができるのでしょうか？
フィルタ、NATなどの設定はコマンドで行うことができます。