vitaからの変更点は

・一部ボイス、テキスト削除〜変更
帰宅部の戦闘ボイスや待機セリフ、WIRE大幅削除
μがよくランドマークタワーにいる設定/理由削除(ルシードと行動するため？)
鳴子の顔がビッグいじり
ソーンのラスト改変

メイン及びモブのトラウマがひとつになった(表層→秘密→深層→本性の暴いてる感減少)
モブのトラウマの変更・削除
(→性的少数派などが削除。また、ハイブマインド包囲網、なお残るパーマネントなどのネタがなくなる)
連れ歩いているキャラに話しかけられなくなったため連行系モブトラウマクエストが一気にできなくなった

リワードダンジョンや楽士のオブジェクトスティグマ撤廃
エリア縮小、図書館やグランギニョールの人形トラップ削除
水口ダンジョン音沙汰なし
スティグマでページ送りができず謎ブザーが鳴る
戦闘カメラが常に引きで見辛い、WIRE⇔プロフ⇔因果系譜が面倒、因果系譜が不便
奥義やスキルの仕様変更
→各キャラに踏み込み、キャラエピを完遂させないと奥義が取れなくなった
謎のテレパシーアクションがなくなり、代わりに不意打ちキックをかませるようになった
掛け合い追加

とか？
一応良いところ多少はあるんだけどね、戦いやすさとか……(楽しいとは言っていない)
vitaとODの記憶だいぶ薄れてるから抜けとか主観多め、長文すまん