LSIのmegaraid-320-4Xで内部４台、外部14台(poweredge)のディスクを接続しているが、
立ち上げ時に、
(1)外部もつないで正常に動作している動作状態からrebootすると、
　SCSIチップのinitとdisk-spin-upが画面報告されずに、
　いきなり「reading configuration」が表示されて、configurationを読みに行くが、
　しばらくして、「no response」のボードエラーが報告される。
(2)外部をoffにして立ち上げると、同様にSCSIチップのinitとdisk-spin-upは画面報告されないが、
　「reading configuration」はすぐ成功して、外部ディスクがない報告が出て、configuration
　を促される。
(3)一旦、(2)の状態になった後に、外部をONにして、本体の電源off後再度ON、あるいは本体を
　rebootすると、SCSIチップのinitとdisk-spin-upの実行が画面報告されたのち、
　「reading configuration」が正常に行われて立ち上がる。

という不可解な状況が起きています。　正常稼働状態からのrebootでは起動が失敗し、
人為的に(2)のエラーを起こした後は、正常に立ち上がるわけですが、どうやら、
(2)のエラー発生後にはSCSIチップの初期化が行われるのに、正常稼働のrebootでは
SCSIchipの初期化がスキップされてしまうことが原因のようです。
なぜかは不明ですが、同様の事態に直面した方はいませんでしょうか？