内蔵型はBluetoothカードというこものが存在しなくて無線LANカードにbluetoothがついてるから割高で
不要なら無線LANをOFFに設定しないと消費電力や常時熱を結構もつのが気になるし
PCIe x1はもちろん内部USB2.0コネクタが空いてないと使えない場合もあるからそのあたりはドングルがいいと思う

おすすめはUSB2.0のコネクタに1.5m程の延長ケーブルをつなぎ
PCや外付けドライブ・キャプチャーデバイス等のUSB3.0の速度が出る機器から離してUSBドングルを使う

そろそろ有名メーカーからBluetooth5.1対応ドングルが出ないかなと思っているんだがなかなか出てこないね
無名の中華製品は万一品質に問題がない個体を引いたとしても長期のサポートとドライバの入手に問題がある