基本的なことで申し訳ないのですが、VIAってVIAソフトウェア
起動している時しか自分のキーマップにならないのでしょうか？

また、VIAに対応していればQMKファームウェアのtoolboxで
自分のキーマップをキーボード自体に書き込めるとの理解で良いのでしょうか？