HBS3での同期ジョブでは「ターゲットフォルダからのファイル削除」をoffにもできます。
用途がカメラ写真とかで撮影ごとにフォルダが単純増加していくといった用途の場合はこれをoffにしてもそんなに悪いことにはなりません。
一方で女優ごとにエロ動画を整理整頓するといった使い方だと例えば
carib_013009-974_水沢まい_ハードコア・ウェイトレス.mp4を
み_水沢まい_[アナル][中華ロゴ]carib_013009-974_ハードコア・ウェイトレス_720p.mp4
に変えるたびに重複ファイルができて都合が悪いです。
フォルダ名を変更するとその中身がごっそり重複になります。
その代わり誤消去に気づかず寝てしまった場合など首の皮一枚つながる可能性もあります。
ですのでHDDの空き容量に余裕があれば週のうち6日は削除offで運用し、あまり作業を見込まない日曜日の夜間ジョブだけ削除onにすると言った折衷案もご検討ください。
素直にスナップショットにすれば良いのですが筐体故障とかあって他の環境で復旧させようとした時に作業が複雑になる懸念から私はこの方式にしています。
またNAS以外にPCやSDカードなどに元ファイルが残ることが多い運用であればそこから復旧すればいいので最初から削除onでも構わないと思います。
私は誤消去に近い事故としてファイル名をコマンドで一括置換しようとして数字だけのファイルになってしまったことがあります。
ctrl+z等では元に戻せず無修正作品400作ほど映像チェックして「一本道　ナース　剛毛」とか検索してサムネと照合・リネームする地道な復旧活動をしたのは辛かったです。
夜な夜な作業して1ヶ月くらいかかりました。
あとチェック中に良さに気づいて追加DLした女優さんもいて作業後に所蔵本数が1割ほど増えました。
何本かタイトル不明のままになってしまい後悔しているのでお気をつけください。