setTimeoutの戻り値を自関数の中で管理するだけで済むように見えるんだが、こういう挙動が欲しいのではないのか？

document.getElementById('mybutton').addEventListener( 'click', function f(){
　　var delay = 3000;
　　if( ( 'timeoutId' in f ) === false )
　　　　f.timeoutId = false;
　　if( f.timeoutId !== false )
　　　　clearTimeout(f.timeoutId);
　　f.timeoutId = setTimeout( function(){
　　　　f.timeoutId = false;

　　　　/* my oparation */

　　}, delay );
}, false );

目印は別にfalseでなくてもいいが