JavaScriptかなんかで、ネットワーク図の線が書けるようなのないかな?
ノードをマウスで自由に動かせて、お互いが重ならないように自動で場所を動いてくれたりするやつ。

こんなやつ。
http://www.syncworld.net/blog/nob/archives/TouchGraph.jpg