まず原作とアニメDMで違う
とくにペガサスがバクラに殺されるか否かで分岐してて殺されたら原作ルート、RやDSOD、漫画版GXに続く
ペガサスが生存したらアニメDMルートでドーマ編とか挟んでGX、5D’s、超融合と続く(5D’sまでは同じ世界)
ZEXAL、AV、VR、SEVENSは違う世界
ただAVは元あった宇宙がとある力に四つの次元に分裂させられてそれぞれの世界に主人公の分身とか過去作キャラのスターシステムとかがいる