【いつ読んだ】
少し特殊なのですが、確か1986年に発行された「さんすう文庫」という算数を扱った児童書のなかで紹介されていました。
【物語の舞台となってる国・時代】
本の中で紹介されていたので確信はありませんが、（当時の）現代日本。そこから異世界に移動する場面があるかもしれません。
【翻訳ものですか？】
いいえ。人名は日本人のものでした。
【あらすじ・覚えているエピソード】
時計に無いはずの13時というキーワードがある。「13時は誰も知らない秘密の時間」という歌が出てくる。ラストかその周辺で、主人公が木に変えられてしまう。木にされた主人公がその歌を思い出す場面がある。
【本の姿（ハードカバー・ソフトカバー・文庫等）・装丁・挿絵】
別の本で紹介されていたので、装丁についてはわかりません。
【その他覚えている何でも・解決のためにやったことなど（使用したキーワード）】
上記の歌で検索。また、13時というキーワードで検索したが、「トムは真夜中の庭で」ではない。木にされてしまう主人公でググってもヒットせず。

情報が少なくてすみません。よろしくお願いいたします。