免税事業者の益税が問題なんだったら、「うちは免税事業者なので消費税いただきません」ってやればいいだけじゃないのか？
経費の方は税込みで処理すればいいだけだし。

お客も消費税取らない事業者ってことで、お得感あるかも（笑）
個人経営の場合、消費税抜価格でも税込価格でも、もらえる金額が変わらなければ良いわけだし。