本課税なら当然請求書に消費税入ってるでしょ
その分が適確請求書無いと今後は払えなくなるよって伝えるだけで何も難しい事無いんだが
その分収入が減って困るって話は国に文句言うしか無いが
その下請けを使い続けたいなら消費税分値上げしてあげるのがいい