アスターテでヤンが味方の艦にコンピューターのC4回路を開くように命じて自動管制みたいな事してたから
旗艦の役目はそのあたりだとは思う

バーミリオンでミュラーが四度旗艦を変えて戦ったけど艦隊は崩壊しなかったから個艦レベルでの機能はそう変わりないんだろうな