連続した GIF ファイルが 20000 枚くらいあります。
これをぱらぱら漫画のようにして見せたいのですが、
GIFアニメーションでは無謀なので MPEG などにしたいと思います。
どのようなソフトを使えばいいでしょうか？

とりあえず無圧縮 AVI にしておいて、
あとから何らかのコーデックで、というのでも有りです。
ImageMagick では 20000 枚全部メモリに読み込んでから
MPEG ファイルをおもむろに作り始めるようで、
ページングの嵐で落ちてしまいました。