教えてクンで申し訳ないのだけど、
HTMLテンプレートやpage specification等のファイルの配置ディレクトリを
カスタマイズするにはどうすればよいのでしょうか？

いくつかのサンプルアプリを見てみたのだけど、常にHTMLテンプレートファイルは
context直下のディレクトリに、それ以外はcontext/WEB-INFのディレクトリに
置かれてた。

それと、
複数の階層(ディレクトリ)を設けて、ページの内容に応じてHTMLテンプレート
ファイルを管理したいのだけど、そんなわがままは許されないのでしょうか？
ひとつのディレクトリにしか置けないと、規模が大きくなったときに管理が
不便じゃない？　複数人での制作だとファイル名がダブらないようにするだけでも
大変かも知れないし。