======== my.ini
[client]
default-character-set=sjis
skip-character-set-client-handshake

[mysql]
default-character-set=sjis

[mysqld]
default-character-set=sjis
skip-character-set-client-handshake

これをサーバー側かクライアント側のどっちかに置くと
正しく認識/余計な変換されなくなるとか何とか書いてあるサイトをみたことがある
(サイトは忘れたしどのディレクトリに置くのかも忘れたので調べてくれ)