Message Passing Interface (MPI) 統合スレ

**デフォルトの名無しさん** · 2009/02/05(木) 13:19:21

>>298
いくら払うんだ？

**デフォルトの名無しさん** · 2009/02/05(木) 22:34:17

>>298
どうせ卒論だろ。研究室の先輩に聞けよ。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/02/22(日) 17:59:18

マスタープロセスの処理内でMPI_Bcastしたいのですが、無理でしょうか？例えば以下のようなコードがあった場合（あまり意味がないコードですが）、
マスタが"TERMINATE"をタグにつけて送るまでの間、スレーブは無限ループでメッセージを受信し続ける。その間、一定の処理毎にマスターとスレーブの
プロセス間で同期を取らせたい。しかし、同期を取らせたい処理はマスタープロセスのif文内にあるので、実行しても効果はない。（つまり、(1)でBcastをやっても反映されない。勿論(2)は反映される）何かいい方法はありますか？
（コードは途中省略）
MPI_Datatype newtype;
MPI_Type_contiguous(sizeof(struct abc), MPI_BYTE, &newtype);
MPI_Type_commit(&newtype);
int k, j, r;
srand((unsigned)time(NULL));
r=rand()%10+1;
if(mype==0) {
for(j=0; j<100; j++) {
for(k=0; k<r; k++) {
MPI_Send(&kp[0], 1, newtype, 1, CONTINUE, MPI_COMM_WORLD);
}
//(1) MPI_Bcast(kp, 3, newtype, 0, MPI_COMM_WORLD);
}
MPI_Send(&kp[0], 1, newtype, 1, TERMINATE, MPI_COMM_WORLD);
} if(mype==1) {
do {
MPI_Probe(0, MPI_ANY_TAG, MPI_COMM_WORLD, &stat);
if(stat.MPI_TAG==CONTINUE) {
MPI_Recv(&kp[0], 1, newtype, 0, CONTINUE, MPI_COMM_WORLD, &stat);
}
} while(stat.MPI_TAG==CONTINUE);
}
//(2) MPI_Bcast(kp, 3, newtype, 0, MPI_COMM_WORLD);

**デフォルトの名無しさん** · 2009/03/11(水) 02:46:50

http://arkouji.cocolog-nifty.com/blog/mpich2/index.html

概ね、ここに書いてあるようにやりました。
（使いたいのはfortranなのでfortranの設定は別にやっときました）
ここの一番下のサンプルコードをビルドしようとすると以下のエラーが出ます。

warning C4627: '#include "mpi.h"': プリコンパイル済みヘッダーの使用を検索中にスキップされました　行;1
warning C4627: '#include <iostream>': プリコンパイル済みヘッダーの使用を検索中にスキップされました　行;2
fatal error C1010: プリコンパイルヘッダーを検索中に不明な EOF が見つかりました。'#include "stdafx.h"' をソースに追加しましたか? 　行:18

また、fortranのコードを自分で書いてビルドしようとすると、以下のようなエラーが出ます。

fatal error LNK1181: 入力ファイル 'mpilib.obj' を開けません。

どこが間違ってるんでしょうか？環境はvisual studio2008とvisual fortran11です。

**302** · 2009/03/11(水) 02:59:26

アドレス間違えました。こっちです。
http://ums.futene.net/wiki/Paralell/4D5049434832206F6E2057696E646F7773204C6F63616C.html

**デフォルトの名無しさん** · 2009/03/12(木) 02:12:20

> 使いたいのはfortran

> #include <iostream>

> int main(int argc,char **argv)

これのどこがFortran…

**デフォルトの名無しさん** · 2009/03/12(木) 18:40:57

>>304
いや、すみません、上はCのサンプルコードをビルドしようとしたときのことです。
「また、fortranの…」以降が自分で書いたfortranのコードをビルドしようとしたときです。
分かりにくくて申し訳ないです。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/03/12(木) 19:24:10

>>302
プロジェクトのプロパティの
Configuration Properties → C/C++ → Precompiled Headers → Create/Use Precompiled Header
を Not Using Precompiled Headers にすればいいと思われ。
（VC++ で C のプログラムをコンパイルするときによくハマる罠です。）
これは英語版の VC++ 2008 の表記だけど日本語版にも該当する項目があるはず。

**302** · 2009/03/12(木) 20:45:54

>>306
Cの方は出来ました！ありがとうございます。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/03/12(木) 21:26:09

正直、Linux入れてmpif77とかmpiccとかのラッピングされたコマンド使ったほうが楽だろ。
ライブラリが足りないとかそんな次元が自己解決できないようなら。
KNOPPIXに入ってたりするからとりあえずそれで試してみれば。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/03/12(木) 23:17:29

>>307
動いて良かったね。Fortran の方は俺は使ったことないので単なる予想だけど
mpi.lib の点（ピリオド）が抜けてて mpilib → mpilib.obj と解釈されてるのでは。
あと mpi.lib と一緒に fmpich2.lib も要るかも。

>>308
普段 Windows で暮らしていると実行してデバッグできる MPICH2 for Win32 は
とっても便利ですよー。多少苦労しても使う価値があると思います。Windows
マシンはありふれているので手近の PC をかき集めて“なんちゃってクラスタ”を
作るといったことも案外簡単にできます。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/03/13(金) 07:00:15

>>308
もともと、リモートにlinuxが入っててmpiが使える計算機はあるんですが、ちょっと楽して
開発したかったので。情けない話ですがCUIは苦手なんで出来る限り避けてます…
と言おうと思ったらKNOPPIXってGUIなんですね。そんなのもあったんですね。

>>309
全ておっしゃるとおりでした。お恥ずかしいです。
後から僕のようなレベルの人がここに来た場合のために経過を書いときます。

mpi.libに直したところ、未解決のシンボル云々というエラーが出てきたので、
fmpich2.libを追加したらビルドが成功しました。その後、実行しようとすると、
mpiexec.exeが見つかりません、と出ました。C:\Program Files\MPICH2\bin\への
パスは通っているので、プロジェクトのプロパティ→コマンド　のところにはmpiexec.exe
とだけ書いておいたんですが、念のためC:\Program Files\MPICH2\bin\mpiexec.exeと
フルパスにするとちゃんと動きました。パスが通ってても上の指定じゃだめなんですね。

ちなみにデバッグ無しで実行すると問題なく出来るけど、デバッグ開始を選択すると
デバッグ情報が見つからないか、または一致しませんってエラーが出ました。
要するにブレークポイントとか関数ウオッチとかあのあたりが使えないってことですかね。
もはやmpiの質問でも無さそうなんで、も少し調べてみることにします。

ところで参考までにお聞きしたいんですが、309さんはどういう環境で使ってらっしゃるんでしょうか？

**302** · 2009/03/13(金) 07:02:25

というかマニュアルに思い切りfortranの場合fmpich2.libを追加してね、と
書いてあったんですよね。まるっきり見落としてました。ほんとに申し訳ない。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/03/13(金) 10:23:00

>>310
309ですが使っている環境は何の変哲もないですよ。
Windows XP に MPICH2 と Visual Studio 2008 Express Edition を入れてます（あと MinGW も）。
用途は数値シミュレーションで、Windows PC で小さな問題サイズで実行できるところまで作って、
Linux クラスタに移して大きな問題サイズで実行、実験データを採るというパタンが多いです。
クラスタの計算ノードはマルチコアなので OpenMP も併用しています。

最近書いたコードは、逐次、OpenMP 並列、MPI 並列、OpenMP + MPI ハイブリッド並列の
4つのバージョンを同じソースから条件コンパイルで生成できるようにしました。
VS 2008 EE では OpenMP をサポートしているので、MPICH2 と組み合わせることで
複数の並列化の方法を実際に試して性能のいいものを選ぶという芸当が Windows 上でもできます。(^^)

ああ、そうだ、Windows 上で実行できることのメリットを1つ思い出しました。
上述のコードは逐次プログラムとしてコンパイルしたときにはデバッグ用の GUI を表示して
操作できるようにしました。同じことは Linux クラスタから X の窓を飛ばすことで実現できますが
クラスタの計算ノードに X ライブラリが入っていなかったり Windows 側に X サーバが必要だったりで
何かと面倒です。かかる手間が少ないという点で Windows で実行できることに意味があると思いました。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/03/13(金) 19:04:32

MPI2のMPI_Put/MPI_Getを使いたいので早速簡単なコードを書いたのですが、思うように
動作しません。日本語の文献が極端に少ないので英語のサイトを見ながらやっているのですが、
サンプルコードが難しいものが多く理解出来ていません。まずはシンプルに、プロセス１の変数aを単純にプロセス０
の変数aにコピーしたいだけなのですが、MPI_Send/MPI_Recvを使わずにMPI_Getを使うにはどのように書けばいいでしょうか？
下のコードのどこがおかしいのかご指摘下さい。
ttp://www.dotup.org/uploda/www.dotup.org1347.c.html

**313** · 2009/03/14(土) 05:12:50

他んとこに聞いてみます

**302** · 2009/03/14(土) 18:05:44

>>312
ありがとうございます。
あー、その環境だと完全にタダで構築できるってことですよね。自宅のＰＣはそれでチャレンジしてみようかな…
OpenMP+MPIって性能出ます？先生に相談したら最初からMPIで書いた方がいいよ、と言われて鵜呑みに
してたんですけど。今まで基本的に学校で用意されてる環境をそのまま使うだけというぬるま湯に使ってきたんで
これからは多少そのへんも自分で勉強してみます。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/03/14(土) 19:15:30

>>314
312に書いたアプリの場合は、実環境で試したところ OpenMP+MPI は素の MPI よりわずかに
遅いかほとんど同じという結果でした。

もっとも、どちらの性能がいいかは問題、ハードウェア、ソフトウェアなどに依存しますし、
最終的にはやってみないと分かりませんので、可能性があると思ったら試す価値があります。

ハイブリッド並列化に興味があるのでしたら次の記事が参考になると思います。

T2Kオープンスパコン（東大）チューニング連載講座(その5)
OpenMPによる並列化のテクニック：Hybrid並列化に向けて
http://www.cc.u-tokyo.ac.jp/publication/news/VOL11/No1/200901tuning.pdf

**デフォルトの名無しさん** · 2009/03/14(土) 19:17:51

レス番号をまちがえました。316は>>315宛てです。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/03/21(土) 22:47:30

VS 2008 のExpress EditionはOpen MP非対応じゃなかたか。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/03/22(日) 05:57:00

>>318
Windows SDK for Windows Server 2008 and .NET Framework 3.5 を一緒に入れると使えます。
参考：http://tech.ckme.co.jp/vc.shtml

**デフォルトの名無しさん** · 2009/04/02(木) 20:54:42

初めまして、MPIを勉強中の者で、使用言語はGFORTRANを使っています。
メイン又はサブにMPI＿INIT～MPI_FINALIZE及び計算式を一括して含む場合は
問題なくプログラムは動きますが、メインにMPI_INIT～MPI_SIZEを
サブにMPI_SEND、MPI_RECV、MPI_BCAST等と計算式を分離した場合、
リンクはできますが、実行時OSがエラーを発行し動きません。
そこで’MPI_COMM_WORLD’をメインでラベルつきCOMMONで確保し
サブに渡すと、OSからのエラーメッセージはなく実行は出来ますが、
今度は’MPI_COMM_WORLD’からINVARID　DATA　TYPEが発行され、
値が上手く通信できません。ご指導願います。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/04/03(金) 03:39:48

質問です。1～300の分子のうち今、rank0が分子を1~100個目、rank1が101~205個目、
rank2が205~300個目の速度の計算を受け持ったとします。で、計算が終わった後、
自分が受け持った分の分子の速度をそれぞれ別の全てのプロセスに渡したいとします。
ちなみにそれぞれのプロセスが受け持つ個数も総数も計算中に変動するので、
それぞれのプロセスの最初の分子の番号をista_mol、もってる個数をnum_mol
n個目の分子の速度をvel_mol(n)として、

do n=1,3
CALL MPI_BCAST(vel_mol(ista_mol),num_mol,MPI_REAL8,n,MPI_COMM_WORLD,IERR)
end do

とやらかすと、それぞれのプロセスが持っているista_mol,num_molの値が違うので絵
受信側と送信側のアドレスと要素数がずれて困ったことになりますね。
この場合、ista_mol(n),num_mol(n)とでもしてそれぞれ別の値として持たせて、
（ista_mol(1)にrank0の値を、ista_mol(2)にrank1の値を…）

do n=1,3
CALL MPI_BCAST(vel_mol(ista_mol(n)),num_mol(n),MPI_REAL8,n,MPI_COMM_WORLD,IERR)
end do

とでもしないとダメなんでしょうか？どう考えてももっとスマートなやりかたが
ありそうなんですがどうなんでしょうか？どなたか教えていただけませんか？

**デフォルトの名無しさん** · 2009/04/03(金) 12:07:03

>>321 MPI_ALLGATHERV

**デフォルトの名無しさん** · 2009/04/05(日) 04:03:40

お答え頂き有難うございます。ただ、ほとんど基本的なサブルーチンしか使ってないので
MPI_ALLGATHERVはよくわからないんですが、今見た感じだと受信バッファ内の
位置は指定しないといけないんですよね？とすると結局他のプロセスが持っている個数に
関してはこの通信の前に教えてやる必要があるということになるでしょうか？

**デフォルトの名無しさん** · 2009/04/05(日) 08:34:21

>>323 そうです。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/04/05(日) 15:13:03

なるほど、大体分かりました。mpi_allgathervを使う場合、
num_molを個別に持たせる必要がある以外はほぼ上の形で書けそうですね。
mpi_allgathervなら送信バッファと受信バッファ個別に指定できるので
送信の開始アドレスをずらして指定して大丈夫なんですよね？

それと別の質問なんですが、mpich2をマルチコアcpu一個のマシンでで使う場合って
mpiconfigでホストのところに動かすマシンを追加するほかは特に設定いらないでしょうか？
あとは　-np 4　をつけて実行するだけ？なんか単純な問題でも妙に遅いんですが…
キャッシュとかはCPU側で勝手に最適化して使ってくれてるんですかね？

**デフォルトの名無しさん** · 2009/04/06(月) 02:44:25

コード例を示したほうが良さげですね。こういう具合です。

int num_mol; // 各プロセスが持つ分子の数
double vel_mol[...]; // 分子の速度の配列。要素数は num_mol
int recvbuf_num_mol[NUM_PROCS];
int displs_vel_mol[NUM_PROCS];
double recvbuf_vel_mol[TOTAL_NUM_MOL];
// 1. まず各プロセスが自分の num_mol を他のプロセスに送る
// recvbuf_num_mol[i] にはランク i の num_mol が入る
MPI_Allgather(&num_mol, 1, MPI_INT, recvbuf_num_mol, 1, MPI_INT, MPI_COMM_WORLD);
// 2. recvbuf_num_mol から ALLGATHERV に必要な displs_vel_mol を作る
count = 0;
for (i = 0; i < NUM_PROCS; i++) {
displs_vel_mol[i] = count;
count = count + recv_num_mol[i];
}
// 3. 上記 1. で得た recvbuf_num_mol と 2. で得た displs_vel_mol を使って
// 各プロセスが自分の vel_mol (サイズ不定の配列) を他のプロセスに送る
MPI_Allgatherv (vel_mol, num_mol, MPI_DOUBLE, recvbuf_vel_mol, recvbuf_num_mol, displs_vel_mol, MPI_DOUBLE, MPI_COMM_WORLD);

マルチコアマシン1台で並列実行する場合は
-machinefile オプションに与えるファイルに localhost:4 のように記述するか
-machinefile オプションを使わずに mpirun -localonly 4 のように実行すると
良いような気がします。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/04/08(水) 01:08:39

あるある

**デフォルトの名無しさん** · 2009/06/03(水) 17:15:01

PVMからMPIに鞍替えしようと思って勉強を始めようと思うのだが
今だとOpenMPIとMPICH2のどちらを勉強すればいいのだろう

Mac OS X LeopardにはOpenMPIがもれなくついてくるらしいのだが
MPICH2とどう特徴が異なるのかを見極めて判断したいのですが・・・

**デフォルトの名無しさん** · 2009/06/03(水) 23:59:12

>>328
MPIの実装に依存するようなプログラムでも作る気かい？

**お願いします** · 2009/06/18(木) 20:47:03

MPIでどうしてもわかりません。
f(x)=x*xの0~1の積分なんですが、答えが通常0.3333となるはずですが
なぜ以下のプログラムだと違った答えがでるのでしょうか？
すみません、どなたか教えていただけないでしょうか？
ちなみにプログラムはよくあるMPI(倍風館)の本のものです。
実行すると0.000488のような値がでてきます。困っています。
どうやれば0.3333みたいな値を得ることができるでしょうか？

**お願いします** · 2009/06/18(木) 20:53:12

#include <stdio.h>
#include <mpi.h>

main(int argc, char** argv) {
int my_rank; /* カレントプロセスのランク */
int p; /* プロセスの数 */
float a = 0.0; /* 全積分区間の左端 */
float b = 1.0; /* 全積分区間の右端 */
int n = 1024; /* 台形の全個数 */
float h; /* 台形の底辺の長さ */
float local_a; /* 本プロセスの積分区間の左端 */
float local_b; /* 本プロセスの積分区間の右端 */
int local_n; /* 本プロセスの台形の数 */
float integral; /* 本プロセスの積分 */
float total; /* 全積分値 */
int source; /* 積分を送るプロセス */
int dest = 0; /* すべてのメッセージは0へ */

**お願いします** · 2009/06/18(木) 20:53:55

int tag = 0;
MPI_Status status;

/* ローカルな積分を計算する */
float Trap(float local_a, float local_b, int local_n, float h);

/* MPIの初期化 */
MPI_Init(&argc, &argv);

/* カレントプロセスのランクを求める */
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &my_rank);

/* プロセスの数を求める */
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &p);

h = (b-a)/n; /* hはすべてのプロセスで同じ */
local_n = n/p; /* したがって台形の数も同じ */

/* 各プロセスの積分区間の長さはlocal_n*hである。 */
/* 本区間は次から始まる */
local_a = a + my_rank*local_n*h;
local_b = local_a + local_n*h;
integral = Trap(local_a, local_b, local_n, h);

**お願いします** · 2009/06/18(木) 20:54:39

/* 各プロセスの積分を加算する */
if (my_rank == 0) {
total = integral;
for (source = 1; source < p; source++) {
MPI_Recv(&integral, 1, MPI_FLOAT, source, tag, MPI_COMM_WORLD, &status);
total = total + integral;
}
} else {
MPI_Send(&integral, 1, MPI_FLOAT, dest, tag, MPI_COMM_WORLD);
}

/* 結果のプリント */
if (my_rank == 0) {
printf("With n = %d trapezoids, our estimate\n", n);
printf("of the integral from %f to %f = %f\n", a, b, total);
}

/* MPIを閉じる */
MPI_Finalize();
} /* main */

**お願いします** · 2009/06/18(木) 20:55:45

float Trap(
float local_a /* 入力 */,
float local_b /* 入力 */,
int local_n /* 入力 */,
float h /* 入力 */){

float integral; /* 積分値 */
float x;
int i;

float f(float x); /* 被積分関数 */

integral = (f(local_a) + f(local_b))/2.0;
x = local_a;
for (i = 1; i <= local_n-1; i++) {
x = x + h;
integral = integral + f(x);
}
integral = integral*h;
return integral;
} /* Trap */

float f(float x) {
float return_val;
/* f(x) を計算する */
/* return_val に計算結果を入れる */
return_val = x * x;
return return_val;
} /* f */

**お願いします** · 2009/06/18(木) 20:57:04

これと一緒なんです。
http://tetralog.in/t/?date=20060118

本当よろしくお願いします。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/06/19(金) 00:14:35

まず各ノードのintegralを送信せずに表示してみろよ。
積分が間違ってるのか送受信でやらかしてるのか区別つくだろ。
この程度のことくらいやってから他人に聞けば？

**デフォルトの名無しさん** · 2009/06/19(金) 14:08:34

>>330
手元で実行してみたが

$ mpirun -np 2 ./a.out
With n = 1024 trapezoids, our estimate
of the integral from 0.000000 to 1.000000 = 0.333333

となったぞ。ハードウェアの構成は何だ？

**お願いします** · 2009/06/19(金) 19:45:20

ありがとうございます。
PCクラスタ環境は

Fujitsu PRIMERGY RS200 ×16台
　　Xeon 3.20GHz/L3:1MB ×2
　　2GBメモリ
　　146.8GB HDD ×2（RAID1利用のため実効はこの半分）
　　73GB HDD ×5（RAID5利用のため実効はこの4/5）

こんな感じです。

**お願いします** · 2009/06/19(金) 20:10:05

見直したんですがやっぱり出てくる答えは0.000488になって正しくないです。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/06/19(金) 21:01:54

>>339
だからよ、まずは積分単体が戻す答えを見て見ろっての。
どうせなにかの打ち間違いだろ。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/06/19(金) 21:04:22

MPIがおかしいと思うなら、そんな積分した答えじゃなく、1とか単純な値を送信しろよ。
自分で問題切り分ける意思がゼロだな。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/06/20(土) 04:41:49

本当にコピペしたコードそのままで打ち間違いが無いのなら、
まずはMPI部分を全部削って1CPUで動かしてみろよ。

**お願いします** · 2009/06/20(土) 12:43:17

MPI部分なしでやれば0.333でます

**デフォルトの名無しさん** · 2009/06/20(土) 18:44:42

Mac用のMPIはどこで手に入りますか？

**デフォルトの名無しさん** · 2009/06/20(土) 18:45:15

MacにはOpenMPIが入っているが

**デフォルトの名無しさん** · 2009/06/21(日) 07:22:30

通常のGigabitイーサネットとInfiniBandではMPIを使った際にどの程度差が出ますか？
もちろんプログラムにもよるでしょうが、InfiniBandに投資するだけの価値はありますか？

**デフォルトの名無しさん** · 2009/06/27(土) 19:20:41

>>346
自分のGigabit環境で、MPIプログラムの通信部分と演算部分の比率を出してみれば、
InfiniBand環境でどれくらい改善するか、予測が付くだろう。
あと、B/F値への要求が高いコードでは、マルチコア環境で、メモリアクセス速度により、
並列化効率がでない場合も多いので、この点も注意した方がいい。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/07/06(月) 06:59:07

MPIの本を読むとSendとReceiveって奇数ノードと偶数ノードそれぞれ順序を逆にして書かないとデッドロックが発生するようなのですが、
今まで、すべてのノードでSendを先に書いていたのですが、とくにデッドロックしたことはありません。
OSか何かに依存するのでしょうか？

**デフォルトの名無しさん** · 2009/07/06(月) 21:10:54

MPI_SendとMPI_Recvは送受信が完了するまで戻ってきませんが。
MPIの仕様なのでOSには依存しません。

別に偶数ノードと奇数ノードとか関係ありません。
送信と受信が対になって実行されないといけないだけです。
ノンブロッキング通信なら送信、受信動作が完了しなくても戻ってきますが、
別の関数で送受信が完了しているか確認をとる必要があります。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/07/06(月) 21:46:09

>>348
どの本のどういう記述よ

**デフォルトの名無しさん** · 2009/07/07(火) 14:04:08

そういえば、標準モードでMPIが勝手にバッファリングモードを使用していたら対応する受信が起動ていなくても戻ってくるか。
そういう意味ではMPIの実装依存でデッドロックが起きていないということになるわな。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/07/07(火) 16:32:14

n 行 n 列の整数二次元配列 A(i, j) のうち、i = 1 の成分
(A(1, 1), A(1, 2), A(1, 3), ..., A(1, n-1), A(1, n)) だけを
j = 1 から m 個ローカルプロセスの B(j) に集めたいと思います。
そこで、mpi_gather を使って以下のように書いたのですが、
このままでは m/n 個しか B(j) に渡されないようなのです。

call mpi_gather(A(1, 1), m, mpi_integer, B(1), m, mpi_integer, 0, mpi_comm_world, ierr)

fortran で書いていますので、この原因がメモリ上でのデータの
並び方(データがメモリ上で A(1, 1), A(2, 1), A(3, 1), ...,
A(n, 1), A(1, 2), ... と並ぶ)なのだろうと思いますが、もし
飛び飛びでデータを選ぶ(j だけ m 個ローカルに渡す)方法を
ご存じでしたら教えて頂けないでしょうか？
初心的な質問ですみません。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/07/07(火) 19:07:19

>>352
つ MPI_TYPE_VECTOR

**デフォルトの名無しさん** · 2009/07/07(火) 20:32:32

>> 353
神様、仏様、353様!
早速お教え頂きありがとうございました。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/07/24(金) 16:46:11

MPICH2とOpenMPIを使い分ける基準ってなんなのだろう
構文の違いと通信のしかたの違いとでどういう特徴があるのか・・・

**355** · 2009/07/24(金) 16:49:25

ちなみに自分のはMac OS XなのでOpenMPIが標準で入っているそうですが
(XgridもOpenMPIを通して使うそうですね)
MPICH2のほうはどうなのか、ちと気になりましてw

**デフォルトの名無しさん** · 2009/09/06(日) 10:48:01

mpif77　でコンパイルは出来るのですが、
実行時　に　mpirun　-np　４　tttt　と入力すると
error while loading shared libraries : libompi_f77.so.o cannot open云々
となって動きません。libにはあるんですが、どうしたらよいか教えて下さい

**デフォルトの名無しさん** · 2009/09/06(日) 11:37:43

>>357
実行時に .so ファイルを探したが見つからないというエラーなので適当な設定を加える必要がある。
libompi_f77.so のあるディレクトリを仮に /opt/lib とすると
a) コンパイル時に -Wl,-rpath,/opt/lib オプションを指定する
b) 実行時に環境変数 LD_LIBRARY_PATH=/opt/lib を設定する
c) /etc/ld.so.conf に /opt/lib を追加して ldconfig コマンドを root 権限で実行する
のどれかをすればいいと思われ。
a) は gcc のオプションで他のコンパイラにも同じようなオプションがある（はず）。
b) の環境変数の指定方法はあなたが使っているシェル（bash とか tcsh とか）によって違うので調べて。
c) は Linux の方法で、他の OS だとファイル名が違うかも知れない。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/09/06(日) 13:37:28

サンプルプログラムを実行することができました。有難うございます

**デフォルトの名無しさん** · 2009/09/18(金) 16:07:43

rank数が0から始まるとちょっと使いにくいんですが、
勝手に
include 'mpif.h'
call mpi_init(ierr)
call mpi_comm_rank(mpi_comm_world,np,ierr)
call mpi_comm_size(mpi_comm_world,npe,ierr)
np=np+1
ってやって使っても問題ないでしょうか？

**デフォルトの名無しさん** · 2009/09/18(金) 18:29:39

好きにせぇや

**デフォルトの名無しさん** · 2009/09/19(土) 00:13:13

すいません、Visual studioのスレで聞いたんですが、
こっちで聞いた方が良いとのことでこっちにきました。

Visual studio2008+MPICH2+ifortranを使ってます。
ブレークポイントやステップ実行などが使いたいのですが、
デバッグ開始にすると「デバッグ情報が見つからないか、または一致しません」となります。
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/ms164731.aspx

上のサイトにプロジェクトのプロパティのデバッグで[起動するデバッガ] を選択しろとありますが、
デバッガー-デバッガーの種類　しかそれらしいものが見当たらず、
また、グレーの文字になっていて変更できそうにありません（ネイティブのみとなっています）
ちなみにデバッグなしで開始なら問題なく実行できますが…
今までCygwin上でwrite文を打ち込みながら原始的にやっていたので、
さっぱりVSの仕組みが分かっていなくて要領を得ないかと思うんですが、
どうすればデバッグモードで実行できるでしょうか？お手数ですが、アドバイスを頂くにあたって
足りない情報などあればご指摘ください。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/09/24(木) 17:43:11

>>362
VSスレの方がいいんじゃねーかな。
windowsでMPI使う物好きは少ないと思うし。
つーか、モロにVSの使い方だし。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/10/13(火) 21:53:16

質問です。fortranで配列の要素数をプロセス数に応じて決めたいのですが、
どのように宣言したらよいのでしょうか？allocateを使うしかないでしょうか？
77では無理ですか？

**デフォルトの名無しさん** · 2009/10/14(水) 11:12:10

call mpiplay(n)

subroutine mpiplay(n)
real data(n)

とか、かな。Initializeやfinalizeはメイン階層でしてね。

もっとも今は77とそれ以降を混ぜて書いても解釈してくれるから
allocate でがんがんやっても良いと思うけど。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/10/14(水) 19:51:56

>>365
なるほど。動的配列を使うまでもなくそれでいいのですか。
ありがとうございます。もう一つお聞きしたいのですが、
メインでもその配列を使いたいときはどうすればよいでしょう？
rank等の取得の前に宣言部が来るのでそのやり方では出来ないでしょうか？
ダミー的にメインを作って、本当のメインをサブルーチンとして呼ぶとか？

**365** · 2009/10/15(木) 05:59:50

365の例ではサブルーチンでの型宣言 integer n とMPI呼出呪文w include 'mpif.h' が抜けてたね。
呪文はメイン階層でもする必要があるけど。
>>366
配列の要素数を、例えばプロセス数の100倍にしたければ、

program mpiwrapper
(略；なんか行があったりなかったり)
include 'mpif.h'
(略、宣言部とか)
call mpi_init(ierr)
(略)
call mpi_comm_size(mpi_comm_world,nprocs,ierr)
n=nprocs*100
call mpiplay(n)
(略)
call mpi_finalize(ierr)
stop
end program mpiwrapper

subroutine mpiplay(n)
include 'mpif.h'
integer n
real data(n)
(略)
call mpi_comm_rank(mpi_comm_world,myrank,ierr)
(略；分割対象のループがいっぱい。初期化とかiteration処理とか)
(略その２；data配列をmainにお持ち帰りできないので書き出しとかはこの階層で)
return
end subroutine mpiplay

かな？wrapperの表現が適切かはちと疑問だけど、まあここではOKということで・・・。
この例だと変数の初期値代入から書き出し保存などは全部 mpiplay(n)階層ですることになるね。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/10/15(木) 06:29:09

そんなわけで、fortran77コンパチで且つ前もって配列サイズを決めなくて良い、というのは
できるけど。めんどいよねw. 自分自身はコマンドラインの引数を使いたい、
計算コード自身は７７で書いてしまった、の２つの理由で
メイン階層のWrapperをCでつくる事が多いけど。上の例は良くつかう。

やはり、というか配列サイズが前もって決まっていないタイプのコードは
最適化が抑制されるのか、遅いね。まあいちいちコード編集＆コンパイルの
手間がかからないから楽といえば楽だけど。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/10/15(木) 06:37:31

だらだら書いてしまったけど・・・・
>>366 ダミー的にメインを作って、本当のメインをサブルーチンとして呼ぶとか？
にYes！と書けば終わりだったな・・・・w
早起きはするものではないね。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/10/17(土) 05:54:20

>>369
いえ、結構怪しかったんで具体的に書いてもらって助かります。
丁寧に教えてくれてありがとう。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/10/17(土) 20:52:34

すみません、もう一つ質問なんですが、
vel(3,m) pos(3,m)　（それぞれm番目の分子のxyz座標の速度と位置）を
buffer(6,n) 1~3に速度(vel)を、4~6に位置(pos)をというように一つのbufferに詰め込んで
別のプロセスに送りたいんですけど、一回のアクセスで送り先のvel,pos両方に
格納することって出来ますか？別々にやらないとだめでしょうか？
それとも受信用の配列(rbuffer(6,n))とか用意して、別の処理で受信用bufferから
vel,posにそれぞれ移し替える方がよいでしょうか？

ちなみに送られる分子のmは不連続なので送る過程ではbufferに詰め込んでますが、
送り先では送り先にある最大の分子の番号の末尾から連続で入れればよし、というような状況です。
（送り先に既にm個あったらm+1~m+nまで）
基本的に通信回数は減らした方がパフォは上がるという認識で良いですよね？

**デフォルトの名無しさん** · 2009/10/18(日) 05:40:13

・・・ラグランジュ法的な粒子なのね。
隣接関係(最近接の粒子番地)がころころかわるから厄介そう。

前半最後の２行が王道だとおもう。型の同じ変数は一つの配列名のに付けてから一度に送受信。
いっそ、最初からvelpos(6,m)みたいに位置や速度の情報を一つの大きめの配列にまとめちゃう方が
いいかもね。vi(m) とか sed だと、
1,$s/pos(1/velposi(4/g
1,$s/pos(m/velposi(3+m/g
みたいな感じでわりと一括置換が効きやすそうだし。
・・・・・恐いけどw

**デフォルトの名無しさん** · 2009/10/18(日) 06:45:10

>>372
うーん、やっぱそうですか。たびたびありがとうございます。
ちなみに代入はf90が使える場面なら

PV(1:3,m+1:m+nmbuf)=rbuffer(1:3,1:nmbuf)
PP(4:6,m+1:m+nmbuf)=rbuffer(4:6,1:nmbuf)

みたいにループ使わずに書く方が速度的にもいいですか？
（上であってます？間違いや冗長なところありますかね？）
上は簡略化してるんですが、実はもう少し複雑なので
あまりパフォが違わないなら慣れた添え字ループの代入が無難かな。

情けない話ですが出来る限りコマンドラインを避けてるのでviとかsedとかの話あまり分かりません。
でもそれで置換出来るならプログラム書く効率あがりそうですね。覚えた方がいいと思いつつ…
統合環境がそういう複雑な置換装備してくれたらいいのにな。甘えすぎですか。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/10/18(日) 09:38:00

>>373
例では第一添え字が６要素だから、
do i=1,nmbuf
pv(1:3,m+i) = rbuffer(1:3,i)
pp(1:3,m+i) = rbuffer(4:6,i)
enddo
にするといいかな？
右側の要素を：つかって範囲指定すると遅くなることが多い・・・とおもう。
実装にも依存するけど、ベクトル的表現は第一添字(右端)だけに
しておくのが安全＆安心。

エディタでの一括置換は楽だけど諸刃の剣ｗ

**デフォルトの名無しさん** · 2009/10/18(日) 09:39:35

第一添字(右端)
↓
第一添字(左端)

**デフォルトの名無しさん** · 2009/10/20(火) 06:46:25

インテルコンパイラだけど、MPI使うには、インテルの売ってるやつを使わないといけないの？

**デフォルトの名無しさん** · 2009/10/20(火) 22:03:31

何でもええ。
ライブラリがリンクできれば。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/10/21(水) 02:41:08

MPI はコンパイラもだけど mpirun がないと。
自宅で文法チェックするだけなら -I -L

**デフォルトの名無しさん** · 2009/10/22(木) 02:52:21

max plunk institute !

**デフォルトの名無しさん** · 2009/10/25(日) 06:45:10

>>374
遅くなったけど本当にどうもありがとう。うまくできました。
ロードバランス大して考えずに領域の広さを均等にぶった切ったけどcore2quadで
３倍強の加速率でした。動的に負荷を割り振ったらもう少し早くなりそうかな？

**デフォルトの名無しさん** · 2009/10/25(日) 20:05:53

最近HyperThreading対応の4coreのCPUが家庭向けの値段まで落ちてきたので
購入したのだが、ここまでスレッド数が多くなるとメモリ帯域か何かが溢れて
評価しないと使えないな。

同じプログラムが、

Pentium4 2.8GHz(1core * 2スレッド)ではMPIで2プロセス走らせると1.6倍ぐらい速くなったけど、
Corei7-860(4core * 2スレッド)ではMPIで8プロセス走らせると4プロセスに比べて0.9倍
ぐらいに遅くなったよ。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/10/26(月) 06:36:28

core i7か・・・いいな。このお金持ちめw いくらだった？
1 thread あたりの作業量は４つの時に比べて0.9*4/8=45%くらいの残念くんだった、って事？

職場での印象では mpirun がメモリアクセスのスケジューリングを
うまくさばいてくれていないような気はしたな。気がしただけで検証もなにもしてないけど。
やはり分散メモリのシステムとは根本的に違う、という事なのだろうな。
・・・・OpenMPだともう少しマシな数字がでてくるのかな？

**デフォルトの名無しさん** · 2009/10/26(月) 06:42:32

>>381
CPU とプロセス（またはスレッド）のアフィニティはどうしてる？
プロセス数が多くなればなるほど、きっちり固定してやらないと
パフォーマンス低下の原因になる希ガス。

**382** · 2009/10/26(月) 07:00:00

OpenMPはデフォだとうろうろするのは知ってたけど。
MPIも固定しないのか・・・知らんかった・・・。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/10/26(月) 09:46:19

windowsだとOSがウロウロさせるんだけど。
高負荷のシングルスレッドを実行させると全CPUが12%程度になるよ(8core)。
LinuxでもたまにCPUを乗り換えるけどwindowsほど頻繁じゃない。

**381** · 2009/10/26(月) 23:47:19

ふと4とか8プロセスとかとか切りのよい数字じゃなくて5とか6プロセスで
実行したらどうなるんだろうと思った。

現在1～8プロセスの全てのパターンをベンチ中。多分終わるのは明日。

> core i7か・・・いいな。このお金持ちめw いくらだった？

再利用などしたので、マザボとメモリとCPUしか買ってませんが、46,675円

> 1 thread あたりの作業量は４つの時に比べて0.9*4/8=45%くらいの残念くんだった、って事？

そういう事です。

> CPU とプロセス（またはスレッド）のアフィニティはどうしてる？

そのあたり詳しくないのでほとんど設定変更せず使ってます。
ちなみにOpenMPI/CentOS5.4です。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/10/27(火) 16:27:05

Pentium4ほどパイプラインがスカスカじゃないからHTの効能はあまりないんじゃないかな。
マルチ「スレッド」のプログラムならメモリ資源などの共用が多くHTの効果がでるかもしれないけど、
マルチ「プロセス」のMPIじゃ同一コアでキャッシュとメモリ帯域の争奪戦をするだけで効率低下すると思うけど。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/10/28(水) 02:43:34

Visual C++2008でMPIを使いたいのですが、何をインストールすればよいのでしょうか？

**デフォルトの名無しさん** · 2009/10/28(水) 02:57:18

HTは結局コアが4つしかないから、メモリ転送がネックになる場合だと、パフォーマンスが落ちるよ。
アフィニティで固定したとしても、論理コアが物理コアとリンクしているとは限らないだろうから、
コア間で依存性があった場合は注意が必要だと思う。
HTは簡単に言うと、あいているパイプラインを有効に使うことだから、2つの処理を同じコアで計算させていることだからね。
ただ、3次キャッシュが大きいので、コアが増えることでプリフェッチの恩恵は受けやすくなるかも。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/10/28(水) 02:59:50

>>384
そりゃそうでしょ。MPIだってコアの指定をしないとだめ。
もちろんPthreadでも。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/10/28(水) 03:24:38

いわれるとそりゃそうだわ、なんだけど
383のを見るまで気づかんかったw

OpenMPだと dplace や taskset で固定できるけど、
これはハードベンダが作った奴だしねぇ。MPIで固定するのはどうするの(特にWin機)？

**381** · 2009/10/28(水) 21:52:47

>>386
悪禁になってしまったのだが結果だけかくと
5プロセスで走らせると最速のようです

**デフォルトの名無しさん** · 2009/10/29(木) 01:33:12

>>392
それだとメモリアクセスが一番のボトルネックじゃない？
ちょうど5コアでいい感じでメモリ帯域を食ってくれて、それ以下だと使い切れなくて、
それ以上だといっぱいになってしまう。
という感じに思える。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/10/29(木) 03:41:16

そんな感じっぽいね。381氏の実験に感謝。

最近はベクトル化を意識してループを短くして,(メモリでかくなったから)配列に中間結果を格納して・・・
というのがスパコンでは流行、というか推奨されるけど、HTでは
ループ内での処理が冗長なベクトル化をあまり意識してないw古いタイプの
コードが並列化では利得が大きいかも・・という事なのかな。
いまはCacheも大きいからたいがいループ内が長くても収まるし。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/12/04(金) 22:16:21

mpiの勉強を始めたばかりの者です。今、Bcastをやっていますが、どうにも解らなくなりました。ご指導ください。
使っているコンパイラー等はGfortran、open　mpiです。解らなくなったのは、メインでBcastを使っても問題ないのですが、
サブルーチンでBcastを使うとエラーが発生してしまうんです。なんででしょうか？ちなみにプログラムは以下のとおりなんですが。
*
MPI 宣言文
*
IF(Nrank.EQ.0) NCP1=1000
CALL MPI_BCAST(NCP1,1,MPI_integer,0,MPI_COMM_WORLD,ierr)
*
KKK = 100
NNN = NCP1 + Nrank*KKK
PRINT *, NNN
これは問題なく動きますが、
　IF（Nrank.eq.0) NCP1 = 1000
　CALL MPI_BCAST(NCP1,1,MPI_integer,0,MPI_COMM_WORLD,ierr)
部分を IF(Nrank.EQ.0) CALL MAINSUBとし、サブルーチンを
　SUBROUTINE MAINSUB
IMPLICIT REAL*8(A-H,O-Z)
COMMON /ACTIVE/ NCP1
*
NCP1 = 1000
　CALL MPI_BCAST(NCP1,1,MPI_integer,0,MPI_COMM_WORLD,ierr)
*
RETURN
END
として、コンパイルし実行すると、 1000、 100、200、300と画面に出力され、notice thatjob rank 1 with PID 4737...の
メッセージが表示されますが、何故か原因が解らないのです。よろしくお願いします。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/12/04(金) 22:49:20

>>395
サブルーチンMAINSUBの中でmpif.hのインクルードしてる？

**デフォルトの名無しさん** · 2009/12/05(土) 07:53:23

395　ですがやっていません。やってみます。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/12/05(土) 08:04:52

395　ですが、動きました。どうも有難うございます。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/12/12(土) 13:25:37

WindowsでMPIをつこうたプログラムをコンパイルしたいのですが、
Windows XP+Vistal C++ 2008 Express以外に、どれをインストールすればよいのでしょうか？

**デフォルトの名無しさん** · 2009/12/12(土) 23:30:24

MPICH

**デフォルトの名無しさん** · 2009/12/20(日) 02:28:58

MPIってユーザーグループの会とか友の会とかないんですかね？？
もしなかったら作ってみたいなっと思いまして．2ヶ月に一度くらい勉強会とかライトニングトークしあう的な規模のもので．

**デフォルトの名無しさん** · 2009/12/20(日) 11:22:07

あんなもん、一旦意味がわかればマニュアル見るだけでOKなので
2ヶ月に一度とかタルいことしてたら、次の勉強会までにプログラムできるようになっている。
てか、それでできない人間だけ集まっても意味ないし、できる人間は参加してもタルいだけだろう。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/12/20(日) 11:52:25

プログラムのほとんどを１スレッドで走らせ、一部を並列計算させたい場合、
その一部以外を if(myrank==0) で囲えばいいの？

**デフォルトの名無しさん** · 2009/12/20(日) 13:09:48

うん、たいていそれでいいよ。

非並列処理部分の結果を並列部分で使いたい時だったら
ちゃんと伝達するのを忘れないように＞＜

**デフォルトの名無しさん** · 2009/12/21(月) 05:10:55

ですよね
なんとなく「プログラムのほとんどが if 文」ってのが違和感なんだけど
他に書き方ないよね

**デフォルトの名無しさん** · 2009/12/21(月) 09:37:58

そうそう、なんかif (myrank .....が冗長に出てくるのがなんかイヤw
並列の出入口でやることが決まっていれば関数に押し込めるけど、そういう事ってあまり多くないし
引数受渡し部分でちょんぼすることあるし・・・＞＜

**デフォルトの名無しさん** · 2009/12/23(水) 09:49:25

現在勉強中で、Send、Recvを使って簡単なプログラムを作って動かしていますが、送るデータの個数が
５００以下だと問題なく送受でき、送受結果を画面に表示できるのですが、５００個を超えると送受結果が
画面に表示できません。プログラムが暴走したような状態になってしまうんです。
データの型は倍精度浮動小数点なんですが、解決策は無いでしょうか？使用している
mpiは　openmpiです。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/12/23(水) 10:52:26

受信側のメモリを確保しているのかと3秒問いつめたい

**デフォルトの名無しさん** · 2009/12/23(水) 12:40:54

407ですが、受け側でも送り側と同じ配列だけメモリーは設定しております。
当初は配列をアロケートしていましたが、疑問に思い、配列を設定して
再コンパイルして実行しても同じなんですが。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/12/23(水) 13:05:15

他人に自分の意志を伝えられない奴が
コンピュータに自分の意志を伝えるプログラミングができるわけがない。

ソースもなしに・・・エスパーも求もと書いとけ。

**デフォルトの名無しさん** · 2009/12/27(日) 20:24:15

openfabrics.orgがつながらない、、、

**デフォルトの名無しさん** · 2009/12/28(月) 22:57:30

先日、Bcastの件で指導を頂いたものですが、今回、ScatterとGatherについてご指導願います。
プログラムは
program　TEST
　　implicit real*8(a-h,o-z)
：
：　　　MPIの使用開始の手続き
：
dimension a(2000),b(2000)
!
if(Nrank.eq.0) then
do i=1, 2000
a(i)=dble(i)
enddo
endif
!
call MPI_Scatter(a(1),20,MPI_DOUBLE_Precision,b(1),20,0,MPI_COMM_WORLD,ierr)
!
if(Nrank.gt.0) then
do i=1, 20
print *,Nrank,b(i)　　：この部分で画面に出力
enddo
endif
!
iiii = 1 + Nrank*10
call MPI_Gather(b(1),10,MPI=DOUBLE_Precision,a(iiii),10,MPI_DOUBLE_Precision,0,MPI_COMM_WORLD,ierr)
:
として、実行したのですが、画面出力部分では、出力値が全てのランクで0.0となるんです。
当然のことながらGatherでも同様なんですが、どうやった良いのか原因も何も解りません。どうかご指導ください

**デフォルトの名無しさん** · 2009/12/28(月) 23:06:52

失礼しました、
　Scatterで...,b(1),20,の後にMPI_DOUBLE_Precision,を書き漏らしております。
質問時の記入ミスです。すみません。

**デフォルトの名無しさん** · 2010/01/06(水) 09:09:27

これで出力が出ます。
それとGatherの方で
MPI=DOUBLE_Precision　の=が_の間違い。
a(iiii)は、ランク0に送るなら
ランク0の受信バッファーを指定するので多分a(1)です。

implicit real*8(a-h,o-z)
include'mpif.h'
dimension a(2000),b(2000)
call mpi_init(ierr)
call mpi_comm_rank(mpi_comm_world,Nrank,ierr)
if(Nrank.eq.0) then
do i=1, 2000
a(i)=dble(i)
enddo
endif
call MPI_Scatter(a(1),20,MPI_DOUBLE_Precision,
& b(1),20,MPI_DOUBLE_Precision,
& 0,MPI_COMM_WORLD,ierr)
if(Nrank.gt.0) then
do i=1, 20
print *,Nrank,b(i)
enddo
endif
call mpi_finalize(ierr)
end

**デフォルトの名無しさん** · 2010/02/08(月) 17:39:36

PCだと大丈夫なんですが、大規模な計算機にジョブを投げたとき、
あるプロセスからの出力だけ途中で止まることがあります。
PCはintel fortran+mpich、大規模計算機はPGIfortran+Voltaire MPIです。

例えばプロセスごとにoutput00,output01,output02,output03のように
別のファイルに出力させているんですが、何かの拍子にいくつかが出力
されなくなったりします。ループの途中にbcastやbarrier等の同期があるので、
出力がないプロセスも計算そのものが停止しているということはないと思うのですが、
別のファイルや標準出力への出力も停止するのでうまく調べきれず、定かではありません。
かなり情報が少なくて申し訳ないのですが、考えうる原因、調査法、解決法もしくは
それに至らなくとも何か思いついたことでもあれば教えて頂けませんか？

**デフォルトの名無しさん** · 2010/02/08(月) 19:42:12

>>415
２桁のファイル名を決める整数が
違うプロセスで同じ整数になっちゃって・・・とか
とびとびになってしまって、とかは無いのかな？
PCとスパコンで違う並列数でやっておかしくなったのなら
同じ並列数（２とかｗ）でやってテストしてみては？

CPUが自分のプロセス番号（例題でよく変数名Myrankになるやつ)
を決める部分のチェックとかもやるといいかも。
とあるシステムでちゃんと動いてるので415さんのMPIの
(データ転送とかの)部分にミスがあるとは考えにくい、
という推定からすると他にはあまり思いつかないな。

**デフォルトの名無しさん** · 2010/02/09(火) 00:30:15

>>415
ノードローカルのディスクに書いてるとかいうオチならブチキレ

**デフォルトの名無しさん** · 2010/02/09(火) 02:35:40

でもたいていのシステムではジョブ終了時に一箇所にまとめるから
少なくともジョブ終了後にユーザーがファイルを移動する操作を
する必要は無いような気もするけど・・・・
その可能性は大いにあるね。

**デフォルトの名無しさん** · 2010/02/10(水) 18:08:04

問題のプロセスはファイル出力はせずに計算はちゃんと終了してるの？

mpi_finalizeを実行せずに終了してるのでは？

**デフォルトの名無しさん** · 2010/02/10(水) 20:33:47

MPI_Finalizeとファイル出力はなんも関係ない

**デフォルトの名無しさん** · 2010/02/11(木) 10:58:34

MPI_Finalizeとファイル出力はなんも関係ない
=> MPIとファイル出力はなんも関係ない
=> このスレとファイル出力はなんも関係ない

**デフォルトの名無しさん** · 2010/02/11(木) 12:03:48

アホかいな
MPI_Finalizeしなくても、ファイル出力していればファイルはできてるし、ジョブが死ぬときにファイルがクローズされるからそのときにフラッシュされるわけで
MPI_Finalizeしないことがファイルができないこととは無関係だっつってんだよ。

**デフォルトの名無しさん** · 2010/02/11(木) 21:49:22

LAM/MPIか何かでMPI_Finalizeを呼ばずにプログラムの実行を終了すると
次回以降のプログラムの実行がおかしくなることがあった希ガス。
確かlambootし直すと正しく実行できるようになったから、裏方のプロセスが
狂ったんだろうな。そういう状況ではファイル入出力が一部おかしくなっても
不思議ではない。

**デフォルトの名無しさん** · 2010/02/11(木) 23:16:52

標準入出力はともかく、ファイル入出力をリダイレクトなんかしてませんよ。
途中でプロセスを頃したらmpichでもおかしくなることがあるが、あくまで通信に失敗すると言う次元のおかしくなり方だから。

**デフォルトの名無しさん** · 2010/02/11(木) 23:37:48

Finalizeを指定しなかったために通信がおかしくなって、
それによってプログラムの動き(例えば通信結果によってif文の判定を行っている)が変り、
ファイルへの書き出し部分を通過しなくなったというのは？

**デフォルトの名無しさん** · 2010/02/12(金) 01:10:41

先に他のジョブが終わるってこと？
つーか、その程度のミスならPCでマトモに動くとは思えないけど。

**デフォルトの名無しさん** · 2010/02/12(金) 15:46:16

他のジョブとは関係なく、
一つのジョブで、MPI_Finalizeを指定しないで終了するプロセスがあると
通信がおかしくなることがあったと思う。

**デフォルトの名無しさん** · 2010/02/13(土) 20:26:46

>>29
ん？じゃぁ宛先はドコに置くん？

**デフォルトの名無しさん** · 2010/02/13(土) 21:14:35

>>428
メインプロセスがチャイルドプロセスを立ち上げる。
実装によるが、そのとき引数にチャイルドプロセスの情報を加える。
MPI_Initでargc, argvが要求されるのはそのため。

**デフォルトの名無しさん** · 2010/02/19(金) 13:33:36

MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD,&numprocs);
N_local = N_global / numprocs;
double u_new[N_local + 2], u_old[N_local + 2];

こうやったら、Integer constant expression requiredって言われました
どうすればいいの？

**デフォルトの名無しさん** · 2010/02/19(金) 19:29:59

>>430
MPIの前にCの勉強をしろカス

といいたいところだが親切な俺様が教えてやろう
C89, C++では動的配列は使えない。
mallocかnewで確保汁！

**デフォルトの名無しさん** · 2010/03/20(土) 18:01:31

三次元空間での拡散方程式の解法でお薦めのものを教えてください。
格子は150x150x150で、線形の拡散方程式です。

**デフォルトの名無しさん** · 2010/03/24(水) 06:27:04

自分で作るw

・・・姫野ベンチって計算そのものはラプラスかポアッソンソルバーだったような気がする。
MPI版あったような・・・気がする。気がする、ばかりでなんだが。
それを元にして、というのも。
ライセンス的にアリなのかわからないけど理研(？)の人に聞いてみよう！

**デフォルトの名無しさん** · 2010/03/24(水) 10:20:58

コンパイルオプションで倍精度を指定した場合ってmpiの関数が送受信する
データはどうなりますか？書き換えが必要ですか？

**デフォルトの名無しさん** · 2010/03/24(水) 13:18:17

>>434
Intel Fortran では要った、というか回避策を見つけ切れなかった。しょうがないので、
自分は#if つかってMPI通信部分を単精度用と倍精度用の２種類作って
そのうちの一つだけを使うように、#define 一行いじれば済むようににしたけど
・・・・忘れたｗときがイヤなのであまり満足していない。
プリプロセスもクレバーに使えばコンパイル時に
とあるオプションが使われたときにだけONになるように出来るハズだけど
使い方がいまいちわからんｗ

この部分はコンパイラのベンダ依存性もあるからあまり突き詰めても
しょうがないきがするので・・・・便乗だけど、賢者の人カモン！

**デフォルトの名無しさん** · 2010/03/24(水) 21:28:25

面倒くさいのでMPI_BYTEで送ってる。
個数を配列の長さ*sizeof(TYPE)にして。
fortranでこんなことができるか知らんけど。
エンディアンがあってないと大変なことになるが気にしない。

**４３５** · 2010/03/25(木) 03:25:12

賢者あらわる。なるほど。ためしにFortran で

real r
r = 1.0
if sizeof(r) .eq. 8 then
　call mpi_send(...,mpi_double,....)
else
call mpi_send(...,mpi_float,....)
endif

をつくってみたけど、コンパイル時のオプションで振舞がちゃんと変わった。
例では r は単精度か倍精度かの判定用のダミー、のつもり。
値が空だとなんか気持ちがわるいのでてきとうな値を放りこんでみた。意味はない。

**434** · 2010/03/26(金) 17:48:06

>>436
ありがとうございます！出来るんですね。
>>437
436さんの文章だけ見てもぱっと分かんなかったんで助かります。
試してみます。

もう一つ、mpich2って使ってる人いますか？
mpi_in_place使えるはずと思うんですが、mpi_reduceの中で使ったところ、
Invalid buffer pointerってエラーが出て使えません。
多分何かとんでもない勘違いしてそうなんですが、どこがおかしいでしょうか？
ちなみにこんな感じです↓
mpi_reduce(mpi_in_place,sumofv,n_cell,mpi_real,mpi_sum,0,mpi_comm_world,ierr)

**436** · 2010/03/26(金) 19:38:08

俺がやってるのは

double a[N];
MPI_Send(... N, MPI_DOUBLE, ...)
の代わりに
MPI_Send(... N*sizeof(a[0]), MPI_BYTE ...)
なんだが。
これだとdoubleの代わりが単精度だろうが倍精度だろうが複素数だろうが構造体だろうが送れる。

>>437だと新しい型を増やす度に条件分岐が増える。

**デフォルトの名無しさん** · 2010/03/27(土) 02:01:35

> MPI_Send(... N*sizeof(a[0]), MPI_BYTE ...)
なるほど！

**デフォルトの名無しさん** · 2010/03/27(土) 12:13:43

if (myrank==0) then
call mpi_reduce(mpi_in_place,sumofv,n_cell,mpi_real,mpi_sum,0,mpi_comm_world,ierr)
else
call mpi_reduce(sumofv,iwork,n_cell,mpi_real,mpi_sum,0,mpi_comm_world,ierr)
endif

**デフォルトの名無しさん** · 2010/04/04(日) 09:08:14

ダグ番号って例題だと０だけど、複数の通信がシステム全体で走ってるときも０でいいのかな？
・・・宛先番号とか別に指定してるから、とある２つのプロセス間で２つ以上の通信が発生しなければ、
同じタグ番号でも困らないような気はするけど。

**デフォルトの名無しさん** · 2010/04/14(水) 10:18:20

ubuntu9.10にOpenMPIをapt-getでインストールしました。
インテルコンパイラを使うには、apt-getではなく、自らコンパイルしないといけないのでしょうか?
何か設定で切り替える方法があれば教えてください

**デフォルトの名無しさん** · 2010/04/21(水) 01:33:13

http://arkouji.cocolog-nifty.com/blog/mpich2/index.html

ここの通りにやってサンプルを使った
円周率の計算まではできたんですけど
自分で書いたC, C++を動かすことができません
とりあえずプロジェクトをいじってるんですがそれでいいんでしょうか？
何か留意点などありますか？

**デフォルトの名無しさん** · 2010/04/21(水) 01:39:49

windows版のmpichはmingw gccでもリンクできるからgccで作った方が早い。
mpi自体の設定もLinuxの方が簡単。

**デフォルトの名無しさん** · 2010/04/21(水) 10:35:03

最近勉強を始めました。
並列クイックソートを実装しようとしているのですが、実行時にエラーが出てしまいます。
とりあえず2個のプロセッサでやってみてるのですが、いったいどこがいけないのでしょうか？

http://codepad.org/13tw3pKS

アドバイスお願いします。

**デフォルトの名無しさん** · 2010/04/22(木) 00:58:42

>>446
で、技術料はいくら払うんだ？

**デフォルトの名無しさん** · 2010/04/30(金) 06:33:21

$200

**デフォルトの名無しさん** · 2010/05/10(月) 05:36:11

OpenMPIとMPICH、どちらをインストールしたらよいのでしょうか
それぞれの利点欠点を教えてください

**デフォルトの名無しさん** · 2010/06/12(土) 19:14:06

MPICH2 1.0.7rc1 + g95 + cygwin　の環境下で、以下のようにバックグランド実行させているのですが、

>nohup mpiexec -np 4 ./a.out >& log.txt &

標準出力(log.txt)に下記のようなメッセージが大量に書き込まれてしまいます。
これを表示させない方法はないでしょうか？

(handle_stdin_input 1067): stdin problem; if pgm is run in background, redirect from /dev/null
(handle_stdin_input 1068): e.g.: mpiexec -n 4 a.out < /dev/null &

**デフォルトの名無しさん** · 2010/06/12(土) 23:35:54

>>450
メッセージに書かれている通りのことをやればいいだけ

**デフォルトの名無しさん** · 2010/06/13(日) 04:24:41

>>451
ありがとうございました。確かに入力用にこれを指定すると出なくなりました。
しかし普通に入力ファイルをしていた場合は入力ファイルが読めずに、エラーが出たので、
このようにしたのですが、それはマルチノードの設定の問題でしょうか。

**デフォルトの名無しさん** · 2010/06/13(日) 10:55:37

何をやったらどんなエラーが出たのか書けよ

**デフォルトの名無しさん** · 2010/06/16(水) 22:05:53

PhenomII x6 1090Tを3.2GHzから4GHzにOCして、MPIでバカ並列の数値計算
プログラムを走らせて使ってたのだが、速度が出ないので調べてみた。

殆どOn cacheで動くプログラム、キャッシュミスが無いようなプログラムなのに、
計算に使うコア数を減らすほど速くなる事に気がついた。3コアで最高速。
ふと、OCやめて定格に戻したら、まともな速度が出るようになった。

なんてこった。どうやらOCで逆に遅くなる事があるようだ。

OCする場合とOCしないときと速度比較してみる価値あるかもよ。

**デフォルトの名無しさん** · 2010/06/16(水) 22:47:52

MPI使った計算なんて遊びじゃないんだからOCなんて普通しねーっての

**デフォルトの名無しさん** · 2010/06/16(水) 23:29:08

まぁそうだな。奇特な人向けの情報です。

**デフォルトの名無しさん** · 2010/06/17(木) 19:01:17

遊びじゃないのにOCするのってダメなのかな
通常のOCのリスク（熱・故障等）以外に、結果が狂うとかある？

**デフォルトの名無しさん** · 2010/06/18(金) 00:53:44

>>457
狂った事あるよ。

デカイファイルが出力されるプログラムを実行させてたときに

./a.out | gzip > out.txt.gz

とかやってたんだが、out.txt.gz をgzip -d で解凍させたら壊れて
ますとエラーが出たので気が付いた。OCでgzipがまともに動作し
なかった模様。多分計算結果も壊れてたんだろうな。

てかgzipで圧縮してなかったら計算結果が壊れてる事に気がついて
なかった罠。

**デフォルトの名無しさん** · 2010/06/18(金) 01:00:23

いやしかし、そろそろMPIに厳しい時期になりましたなぁ。

そろそろ１０月まで止めるかなぁ。電流計で測ると11A使っている
から1100Wの電熱器付けているようなもんだからなぁ。

**名無しさん＠そうだ選挙に行こう** · 2010/07/10(土) 14:37:03

>>459
台数を6台から１台に減らしたんだが、最適化に尽力したら、2倍速くなった(w
(一台あたりの話)

作業配列をunsignedからunsigned charにしただけで、1.2倍。

昔のCPUは1byteアクセスはペナルティ高かったような…
PentiumPro ぐらいの話だが。最近はペナルティ無いのか？

**名無しさん＠そうだ選挙に行こう** · 2010/07/10(土) 19:12:52

コンパイラや最適化の影響があるかも知れない。
単純にはインテルコンパイラ使ってSSE吐いているならその部分は４倍速くなってるはず。

**460** · 2010/07/10(土) 23:39:18

>>461
単純にメモリ利用量が減ってキャッシュの効きがよくなっただけだと思います。

CPUがPhenom II 945だしインテルコンパイラーつかえねー

**460** · 2010/07/12(月) 23:52:31

最適化を推し進めていくと、inline命令の逆のnoinline命令が欲しくなるな(gccは拡張機能であるがANSI Cとして欲しいね)

コンパイラの最適化レベルを上げるとホットスポット内にある、めったに呼ばれない関数までinline展開されてループ内のマシン語が大きくなってしまう。

また、ifでの条件分離の確率をプログラマーが指定したくなるな。。これはコンパイラーの機能ではどうにもならなかったので、制御構造を変更するしかなかった。こういうのはコンパイラ変更したら無意味になりそうでいやーん。

マシン語がどういう形で展開されているかは、素直に読むとなかなか辛いので、以下のようにasm文で適当にＬＡＢＥＬ文を埋め込んでいけばいい。
---
asm(".HOGEHOGE_START:");
for(i=0; i < MAX; i++)｛ hogehoge;｝
asm(".HOGEHOGEEND:");
--
そして-save-tempsでマシン語をファイル(hoge.s)に出力させればいい。マシン語のC++の関数名は奇妙奇天烈な名前に変換されるが、c++filtで復元出来る。

$ cat tmp.c
void test(int hoge){}
$ g++ tmp.c -c
$ nm tmp.o
00000000 T _Z4testi <- 謎の関数名
U __gxx_personality_v0
$ nm tmp.o | c++filt
00000000 T test(int) <- 関数名を復元
U __gxx_personality_v0

**デフォルトの名無しさん** · 2010/07/14(水) 03:12:44

>>458
そんなこともあるんですか
あまり欲張らないでおこう

**デフォルトの名無しさん** · 2010/07/14(水) 16:19:27

MPIを使わずに馬鹿並列をする簡単なフレームワークないですかね？

MPIをインストールするのめどい。

やって欲しい事は、32coreのマシンと、数千個のファイルがある。

.a.outにこのファイルを一つづつ渡して実行してほしい。処理が終
わったら続いてファイルを渡して処理をして欲しい。同時に32個
のa.outを実行しつつ、処理が終わったa.outがあったら残りの
ファイルをa.outで処理してほしい。

**デフォルトの名無しさん** · 2010/07/14(水) 16:24:10

↑　それぞれのa.outは処理時間が一定ではありません。

**デフォルトの名無しさん** · 2010/07/15(木) 00:26:56

妥当なところはOpenMPかな。
#pragma omp parallel for schedule(dynamic,1)
for( int i = 0 ; i < 1000 ; ++i ) {
  char filename[100];
  sprintf(filename, "file%03d.dat", i);
  process(filename);
}
結構適当に書いたけど、こんな感じ？

**デフォルトの名無しさん** · 2010/07/15(木) 22:00:42

ありがとうございます。OpenMPでそんな事ができるんですね。
gccも４系はサポートしているみたいですので、試してみます。

**デフォルトの名無しさん** · 2010/08/07(土) 11:07:24

この辺でもみてくださいな。
一見正しく動いていても、OCで遅くなったり計算間違ったり
ttp://hibari.2ch.net/test/read.cgi/tech/1099819556/454
ttp://hibari.2ch.net/test/read.cgi/tech/1099819556/458

**デフォルトの名無しさん** · 2010/09/12(日) 06:01:26

465-466 で処理量が一定でないとの事だから、
>>467 さんの schedule(dynamic,1)
は必須だね。これがなくてもちゃんと動くだろうけど、かなり能率は落ちるハズだ。
頑張ってね～。

**デフォルトの名無しさん** · 2010/10/03(日) 18:04:08

MPI導入の話なのですが…
MPICH2のmpdbootを失敗した際に出る(handle_mpd_output ***)のまとめサイトのようなものを探しております。
日本語か英語のサイトで見たことあるという方、教えていただければ嬉しいです。

**デフォルトの名無しさん** · 2010/10/12(火) 03:47:24

MPIでコンパイルしているかどうかをコンパイル中に#ifdefで判別したいのですが、
どれがdefineされているかを調べれば良いのでしょうか?

**デフォルトの名無しさん** · 2010/10/22(金) 10:35:24

Ubuntuでintelコンパイラを使ってMPIプログラムをコンパイルしたいのですが、
apt-getでopenmpiをインストールした後、使用するコンパイラをgccからiccに変更する
方法がわかりません。
やり方を教えてください

**デフォルトの名無しさん** · 2010/10/24(日) 02:32:25

http://www.google.co.jp/search?q=ubuntu+icc&ie=utf-8&oe=utf-8

なるほど分からん

**デフォルトの名無しさん** · 2010/10/24(日) 02:44:51

gcc -E -dM -xc /dev/null

定義済みマクロ
http://wikiwiki.jp/redstrange/?%C4%EA%B5%C1%BA%D1%A4%DF%A5%DE%A5%AF%A5%ED
__MPI
__OPENMP

**デフォルトの名無しさん** · 2010/11/11(木) 06:38:52

ご存知の方教えてください。
MPIの各ノードのコンパイラが違っても、コンパイラに依存したソースでなければ動作しますか？
よろしくお願いします。

**デフォルトの名無しさん** · 2010/11/11(木) 10:15:27

なんか答えにくい質問だなぁ・・

たとえば x86 なCPU で linux 上で、とかなら
.o ファイルかき集めて最後にリンクできて・・なら、
たぶんだけど意図したとおりに動くんじゃないかな？

コードはあげないけど中間ファイルならあげるよ、という人たちから
いろいろもらって一まとめで使う、とかなの？

**デフォルトの名無しさん** · 2010/11/12(金) 14:02:34

>>477
すみません質問がいい加減すぎました。

ノード１がCygwinでgcc_4.3.4を使っていて、
ノード２がUbuntuでgcc_4.4.4を使っています。
CPUはともにx86系です。

このようなときに、
MPIはコンパイラが異なることを気にせずにプログラムを動作させることができるかどうか知りたいです。
よろしくお願いします。

**デフォルトの名無しさん** · 2010/11/12(金) 15:38:08

mpirun mpiexec の気分次第w
まあ、動くかと。
gcc と intel は割と相性イイから
インテルも混ぜてあげよう

**デフォルトの名無しさん** · 2010/11/15(月) 18:12:22

MPICHを使っています。各プロセスに環境変数(具体的には$HOME)を渡したい
のですが、どうすればよいでしょうか。

Windows版の場合には、mpiexec(のみ)が提供されていて、
mpiexec -env HOME <somewhere> -np ...
とすればできますが、

Linux版では、mpirunが提供されているが、mpirunには環境変数を指定する
オプションがないので、できなくて困っています。なお、インストールには
YaSTを使い、
mpich-1.2.7p1-214.3.i586
mpich-devel-1.2.7p1-214.3.i586
を入れました。

**デフォルトの名無しさん** · 2011/01/13(木) 13:07:41

>>480
bashrcに書けばいいんじゃない？

**デフォルトの名無しさん** · 2011/01/26(水) 19:07:42

行列行列積のやり方が全くわかりません

Ａ×Ｂ＝Ｃで各プロセスがＡとＢのブロック行(ブロック行の行数は行列全体の行数/プロセス数)を保持している。
Ｂをプロセス間で循環させ、計算結果のＣを更新していくことでＡ×Ｂを計算せよ。
行列は正方行列で1024×1024とし、プロセス数は行数の約数とする。値は乱数で決める。

誰がやり方教えて下さい。プログラムの流れとかでも良いです。お願いします。

**デフォルトの名無しさん** · 2011/02/09(水) 18:08:03

A B
000 333
111 444
222 555

rank0 rank1 rank2
step1
000 333 --- --- --- ---
--- --- 111 444 --- ---
--- --- --- --- 222 555

step2
000 --- --- --- --- 333
--- 444 111 --- --- ---
--- --- --- 555 222 ---

step3
000 --- --- 333 --- ---
--- --- 111 --- --- 444
--- 555 --- --- 222 ---

**デフォルトの名無しさん** · 2011/05/21(土) 13:51:12.10

mpich2-1.3.2、４nodesでプログラムを並列実行しようとすると

Fatal error in PMPI_Barrier: Other MPI error, error stack:
PMPI_Barrier(476)..................: MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD) failed
MPIR_Barrier(82)...................:
MPIC_Sendrecv(161).................:
MPIC_Wait(405).....................:
MPIDI_CH3I_Progress(150)...........:
MPID_nem_mpich2_blocking_recv(1074):
MPID_nem_tcp_connpoll(1663)........: Communication error

とエラーが出てしまい実行出来ません。検索しても有効な解決策が見つかりませんでした。
どなたか解決策を教えていただけないでしょうか？

**デフォルトの名無しさん** · 2011/05/31(火) 04:09:40.08

Intel mpi(impi)使ってる人います？
自分でコンパイルしたのより速い？

**デフォルトの名無しさん** · 2011/05/31(火) 23:53:44.81

そりゃ人間がコンパイルするより速いだろ

**デフォルトの名無しさん** · 2011/06/01(水) 02:31:39.53

機械語直打ちw
やだな・・・罰ゲームだ

**デフォルトの名無しさん** · 2011/06/07(火) 02:57:07.11

>>486,487
そんなくだらない煽りが来るとは思わなかった．
mpichってconfigure makeしません？
数値計算メインで使ってるなら，
効率考えて，コンパイラ変えたりするでしょ．

mpi関係ないコンパイラの速度って，
icc>1.1倍>gcc4>>1.8倍>>gcc3
ぐらいのイメージなんで，(Linux x86_64)
ifortやiccでmpichコンパイルしたのとどっちが早いかな
と思ったんですが．

impiだと，
mpicc -cc=icc
て出来ることがわかったので，自己解決しました．

**デフォルトの名無しさん** · 2011/06/07(火) 03:03:11.95

>>481
環境変数はbash_profileのほうがふつうじゃない？

>>484
mpd立てた？
listenportの設定は適切？
付属のサンプルプログラムは流れた？

**デフォルトの名無しさん** · 2011/06/08(水) 00:50:57.29

>>488
「自分でコンパイル」に該当する環境をきちんと定義しないからさ。
コンパイラは？gcc？icc？それ以外？
mpiライブラリは？計算内容は？

まぁどれにしてもmpiコンパイラって基本的に適当なライブラリをくっつけて
ビルドするスクリプトだから、実際やってる内容を出力するオプションあるし
それで１つ１つ確認すればいいんじゃない？

**デフォルトの名無しさん** · 2011/06/08(水) 01:47:18.76

>>490
回答ありがとう．たしかにあやふやな質問だったと思う．
偏見かもしれんが，まともなwindowsクラスタってあるの？
数値計算を32bitで行うのは論外でしょ．
でIntel Compilerを入れる時点で，アーキテクチャほぼ決まると思いますが．

impiのデフォルトコンパイラはgcc&gfortranです．
mpiライブラリの意味がわからん．
impiの前はmpichを使ってた．(これで回答になっている？)
計算内容は有限差分とモンテカルロ．

続く

**デフォルトの名無しさん** · 2011/06/08(水) 01:48:27.26

>>490
続き

適当なライブラリが-lmpi -lpthread -lmとかを言っているなら，
libmpiをコンパイルする必要があると思いますが．
このライブラリをIntelがチューニングしてくれたら，
自分でコンパイルするより早いでしょうし．
デフォルトのgccとかでやられてたら，
自分でコンパイルしたほうが速そうじゃない？

実際やってる内容ってのは，mpiccやmpifcのスクリプトの中身のこと？
それとも別の何かを指しているの？

**デフォルトの名無しさん** · 2011/08/28(日) 05:28:03.47

ブロードキャストってネットワークの送受信量を減らすことができるのですか？
それとも単に便利なだけというだけなのでしょうか？

**デフォルトの名無しさん** · 2011/09/01(木) 19:37:51.69

ＭＰＩってテキストからデータ読み込んだ時に、
MPI_SendやMPI_Recvを使って送受信可能にするためには変換が必要だったりしますか？

double型のデータなんですが。

**デフォルトの名無しさん** · 2011/09/02(金) 11:09:03.84

ＭＰＩでどうしても通らなくて困ってます。
エラーが
One of the process started by mpirun has exited with a nonzero exit code.
this typically indicates that the process finished in error.if your process
did not finish in error,besure to include a "return 0"or"exit(0)"in your
C code before exiting the application.

PID ***** failed on node n2 due to signal 11と出て通りません。

ソースはアップロダにあげるのでよければご教授お願いします。
ttp://uproda.2ch-library.com/423445uMY/lib423445.c

**デフォルトの名無しさん** · 2011/09/03(土) 10:38:26.00

One of the process started by mpirun has exited with a nonzero exit code.
とあるので全うな終了をしてないプロセスがあるんでしょう。
return 0以外で終了するっぽいコードは inputn() です。何故か EOF に達すると exit(1) しているので
inputq() のように break にすれば直る・・・・・・とは思いませんが。

とりあえず他の点でも突っ込み。
・座標入力でy,zがEOFになってもbreakで抜けて処理しているけどいいの？というかそういう表示を出さないとバグがわからないと思う。
・mainのループ関係がおかしい。わかりやすいところではifとelseが対応してない。
・getdouble() は1行から1つの数値しか読み込まないっぽいので 3次元座標的には読みにくい入力データが必要。

**495** · 2011/09/04(日) 09:45:19.22

>>496さんの言った通り直しても通りませんでした…。
正直自分の知識じゃ限界を感じているので
代わりにやってくれる方がいれば報酬払ってもいいです。
最大２万円までしか出せませんが…。メール待ってます。

**デフォルトの名無しさん** · 2011/11/15(火) 11:36:05.43

openmpi使ってるんだがnohupが効かねぇ・・・
端末PC落とすと計算やめちゃうんだが