BDS2006proのうち、Delphi（Win32)だけをインストールして、それから
アップデートファイルをインストールしました。up1,up2,ロールアップ２
です。
アップデートする前の確認していないのでなんともいえないのですが、
アップデートするとプロジェクトやフォームのファイル名がおかしくなりませんか？

IDEを立ち上げて新規作成を選ぶと、いきなり「Project3.exe」「Form3」になります。
プロジェクトを閉じた後、次の新規作成では「Project4.exe」「Form3」です。

最初からインストールし直すがめんどくさいのでどなたか対処方法をご存知の方が
おられましたらアドバイスをお願いします。