>>85
遅くなるというのは１件あたりの処理時間が増えるということかな？
それだったらCompact Editonなのが影響してるのかもしれない。
2005Expressで実行してみたらどうだろう。

db.SubmitChanges(); は5000件まとめての方が速いと思う。
メモリがきついようなら500件くらいまとめてで。