Graphvizって言えば、同じrankにあるnodeの位置関係のヒントって与えられないかな。
doxygenからの出力でも、関数ツリーの上下がある程度同じになってくれると助かるんだけど。
例えば、
main->a->b
    ->c-^

    ->c-v
main->a->b
になったりしないように。