データ処理だけしてりゃいい奴は Linux だけでもイケるだろうけどね。
組み込みの開発ともなるとそうはイカン。
RTL の開発環境は Linux でもそれなりにあるけど。VHDL の選択肢がほぼないのは少し意外かな。
USB 対応機器を好き放題やって遊びたいときは Linux の方がいいかもね。
特にこだわりがないなら FTDI の石使えばたいていは事足りると思うけど。