書き込み専用と読み込み専用フォルダに分けるってことかな?
でも同一HDD内ならリスクは変わらないから、やるなら別HDDやオンメモリで保有しないとかな?

一応Datファイルを読み取る場合はSQLDBを通してヒットしたら読み込むようになってる
Dat保管時の書き込みは専用ブラウザやエージェント、P2P通信でのDatファイル取得時に
DBへの書き込みはキューをためておいて15秒ごとに更新するようになっている(O2DatDB.cppのUPDATE_THREAD_INTERVAL_Sで定義されてる)
ノードキーや検索キー、削除キー等は起動/終了時以外はメモリーで保有してる

DatフォルダとDBフォルダを別HDDに分けるなんてすれば少しはましになるかしら?
一応Profile.xmlでDatフォルダとDBフォルダを指定することはできる。