ファイルディスクリプタは、プロセスごとに定義されているので、
偶然同じ値であることがあります。
stdin, stdout, stderr以外にファイルはオープンしてない場合、
次にfopenしたファイルのファイルディスクリプタは3です。

要するにファイルディスクリプタは全プロセスにまたがった固有のIDと見做せません。