$str1 = 'aaabbbcccdddeee';
$str2 = 'aaafffcccgggeee';

$test = $str1 . "\t" . $str2;
$test =~ /(.+)(.+?)(.+)(.+?)(.+)\t\1(.+?)\3(.+?)\5/;
$c1 = $1;
$d11 = $2;
$c2 = $3;
$d12 = $4;
$c3 = $5;
$d21 = $6;
$d22 = $7;

print "$c1 $d11 $c2 $d12 $c3\n";
print "$c1 $d21 $c2 $d22 $c3\n";

結果
aaa bbb ccc ddd eee
aaa fff ccc ggg eee

こんなのはすぐに思い付くと思う
ところがこれは、文字列の長さが100文字とかでもう遅すぎて使えなくなる