awkなりsedなりで一行飛ばしの中間ファイル作って、それをデータファイルにするとかじゃだめなの？
入力関係でつまづくなら、fortranにあわせたファイルを作成する方が早いのではと思ってしまう。

バイナリデータだとテキストみたいにいかないのか。バイナリデータだったらごめん。