Perlの場合は、保守性を考えると非・オブジェクト指向のほうがいいよ
 $self->{a}{\%$b}=$c
は分かりやすくすると
 $self->{'a'}->{$b} = $c
になる
ただ $b は本当にハッシュのリファレンスなの?