[環境]
Activeperl win8.1 or 2016 server
perl -v
This is perl 5, version 24, subversion 3 (v5.24.3) built for MSWin32-x64-multi-thread

[コード utf-8で作成]
#res[1]にはcp932のコードの「テスト」を含む文字列が格納されている。
$res[1] = Encode::decode('cp932', $res[1]);

#patern.txtはutf-8で「テスト」の文字列が格納されている。
open (FILE, "<:utf8", "patern.txt") or (die "$!");
my $line = <FILE>;
close(FILE);
#$line = 'テスト';←#を外して直接コードに書くとヒットする。
print encode('cp932', $line);(正常に取得できている。)

if ($res[1] =~ /$line/){
print "Hit!";
} else{
print "not Hit";
}

---出力---
>テスト
>not Hit