マシンコードは見たんですよ〜　すぐ気が付くようなミスは無かったと思う。
　　CMT3.CMCOR = PCLK/128/1000*ms;　　　　// 1KHz(1mS)の分周値*mS
　　　　MOV.L　　　　#00088000H,R4
　　　　MUL　　　　　#90H,R1
　　　　MOV.W　　　　R1,1CH[R4]
　　CMT3.CMCR.WORD = 0x00C2;　　　　　　// Φ/128 ｾﾚｸﾄ,CMIE3許可
　　　　MOV.W　　　　#00C2H,18H[R4]
　　CMT.CMSTR1.BIT.STR3 = 1;　　　　　　// ｶｳﾝﾄUP start
　　　　MOVU.W　　　0H[R4],R5
　　　　BSET　　　　01H,R5
　　　　MOV.W　　　　R5,10H[R4]
　　do { } while( CMT3.CMCR.WORD & 0x40 ); // 割り込みを待つ
L26: 　MOVU.W　　　18H[R4],R5
　　　　BTST　　　　　#06H,R5
　　　　BNE　　　　　L26
　　　　RTS