インタプリタだからな。
インタプリタの利点はサーバーでOSやCPUが違ってもそれをインタプリタが吸収する利点がある。
が、クライアントのコマンドラインツールとなると、ネイティブバイナリに越したことはないだろう。
PHPで、lsコマンドとか、catコマンドを作り直しも、それをPHP版にわざわざ置き換える人は皆無だと思う。
PHPでは速度が遅いとか、メモリを多く食うとか欠点があるからだ。
CGIに特化した機能もコマンドラインツールでは全く役にたたない。

他のコマンドラインツールのようにC言語で作ればいいんじゃないだろうか。
マルチプラットフォームを考えて敢えてPHPと言うのは自由だけど、それならJavaでもいいわけだし。
もちろん、PHPで間に合うことはPHPで作って何も問題ないよ。
だが、PHPでなければならない理由が特にないような感じだね。
逆に聞きたいのは他の言語ではどんな問題が出ると言いたいのだろうか。
取りあえず、lsコマンドとかcatコマンドなどの各種コマンドをPHPに書き直した新しいPHP/Linuxディストリ作れば?
PHPのほうがいいんなら普及するんじゃない?
PHP自体もPHPで作り直せば?