html　・・・　高機能、閉じタグの有無や属性やスタイルシートなど覚えることが多く複雑
markdown ・・・　出来る事に限りがあるがその分htmlより簡潔に書ける

・githubユーザは皆がみなhtmlやcssに精通してるわけではない、web技術に疎い者も多い
・ユーザの作ったhtml文書をhtmlとして出力するにはセキュリティ面で不安が残る(悪意のあるスクリプトの埋め込みなど）
・htmlよりも制約の多いmarkdownならweb技術に多少疎くても簡単に覚えられて、セキュリティ面の不安も少ない(悪意のある画像リンクの埋め込み等があるので不安要素が無いわけではないがhtmlよりはマシ)