> ただ、個人的な感想を言うと、aptのことはよく知らないけどデフォルトのアップデート対象から
> 外してた方がいいんじゃない？

好きにすりゃ良い

> 勝手にアップデートされると、plugintとかが動かなくなったりするし。

何の話だ？

GitLab付属のプラグインが動かなくなることはなない。
（あるとしたらそれはプラグインのバグ）