1: ファイルは壊れてないです。あとファイルの中身はどうでも良くて困ってるのはファイルですね。

2: こちら側からバイナリを含めて希望してるのでそもそも文字コードは問わないです。
なおwindowsですので強制的な解釈としてはcp932でしょうか。文字かどうかは不明ですか。

3: 書いてある通り、ファイル一覧を入手したいです。（と言うよりすでにしました）。その時点での文字化けについてです。