Emscripten は標準でEmscripten自体からC++のコンパイラclangを呼び出し直接JSを吐き出せる。
この場合はライブラリ環境はGNU ldをエミュレートしているらしい。

Emscripten で C++ の Hello World を JavaScript に変換してみた
http://tips.hecomi.com/entry/20130416/1366124901

これを見ると　 linker emulating GNU ld　と有るからこれらはHTML環境に変換してるみたい。
それ以外のライブラリを使う場合は難しそう。　Objective-Cもダメらしい。
Emscripten がライブラリをエミュレートしない限りはかなり難しいだろうな。