>やり方
java だとしたら、今どきのプロジェクト構成の基本は
http://www.javadrive.jp/eclipse3/step/index8.html
みたいな感じ。（あくまで基本）
プロジェクト直下にsrcフォルダ作って、生成物はbinフォルダに勝手に入れられる。

これはビルドパスでカスタマイズ可能。Maven 使いだと
http://www.techscore.com/tech/Java/ApacheJakarta/Maven/7/#maven-6-1
とかやるように、わりかし好きなようにカスタマイズできる。