CUDA5.0以降ではrdcを「はい」にするとファイルの分割が出来るという情報を得たのでさっそく試してみたところ
>>125のエラーは無くなったのですが
1>sub.cu.obj : error LNK2005: "long __cdecl genrand_int31(void)" (?genrand_int31@@YAJXZ) は既に main.cu.obj で定義されています。
上記のような二重定義エラーがいくつか出てきました

また、ヘッダファイルの拡張子を.cuhとしている方を見かけたのですが、.hとの違いはあるのでしょうか？