そもそもjQueryの根幹を成していたcssQuery作者はJSに習熟していたから$なんて使わなかったが、
当時JS初心者が浅い知識で無茶苦茶に作ったprototypejsが流行っていてユーザーがそこで$にすっかり慣れてしまっていたから、彼らを取り込もうと図った時に敢えて$を使った。