.netはDLRが出た時に.net言語の実装増えたけど、利用者少ないし、ほとんどがメンテできてないんじゃないかな
JVMだと使える処理系としてkawa、abclもメンテされてるはず。
それとリッチ・ヒッキーは.netでscheme実装やってみたけど、意図的にclojureからjvmに移行したという記憶が。

clojureは組み込みデータ型がJVMに寄ってるので、cljsもclojureclrも組み込みのデータ型で苦労してるし、clrは特にサードパーティーのライブラリが対応してなくて苦労してる。
ただ、ニュートラルにするとshenとかFantomみたいにあんまり他の言語と相互利用できなくなる。
clrは、unity使えるけどスマホで使えないし、WPF対応させたりしてるけどクロス環境では使えないみたいな話も。

JVMは末尾再帰辛いけどindyやgraalvm+truffleみたいにネタが増えてて実装オタク向けの新しい題材が増えてるし、他のVMでも.netよりもerlangのvmや、llvmあたりの方がまだ活発なイメージがある。